Le championnat de France de rugby à XV de 2e division 1999-2000 appelé Élite 2 est l'antichambre de la première division, le Elite 1. La compétition se déroule du au en deux phases. À l'issue de la première phase, les clubs classés aux cinq premières places sont qualifiés pour la phase 2 au sein d'une poule unique.
Béziers est champion d'Élite 2 pour la saison 1999-2000 et accède à la 1re division pour la saison 2000-2001. (L'appellation TOP 16 verra le jour lors de la saison 2001-2002).
Du fait du resserrement de l'élite, 11 clubs sont relégués en Fédérale 1. Aucun club de Fédérale 1 n'accède à la Division 2 pour l'année 2000-2001.