↑Le GFCO Ajaccio s'est vu refuser par la LNF et la FFF l'accès à la Division 2 1999-2000 à cause de l'article 131 du règlement de la FFF (interdiction d'avoir deux clubs professionnels dans une même ville de moins de 100 000 habitants, l'AC Ajaccio évoluant déjà en division 2). L’ASOA Valence est donc repéché et reste en Division 2.
↑Le FC Mulhouse est relégué administrativement en CFA et se voit remplacé par une équipe évoluant dans cette division, en l'occurrence le Stade de Reims.
↑Le Sporting Toulon Var est exclu avant le début du championnat pour raisons financières. Il débute alors en CFA 2 mais abandonne au bout de quelques journées.
En cas d'égalité de points, les équipes sont départagées à la différence de buts particulière.