Il commence sa carrière en 1982 en tant qu'auditeur chez Pricewaterhouse à Genève[1],[3]. Il rejoint ensuite Crédit Suisse en 1985, d'abord à Zurich, puis à New York, en tant que cadre en banque d'affaires[1],[3]. En 1990, il revient s'installer à Lausanne où il devient responsable des activités de banque d'affaires de Crédit Suisse en région romande, à Berne et à Bâle[1],[3].
En 1995, le Conseil d'État du canton de Vaud le nomme chef du service de l'administration des finances[5]. À ce poste, il participe notamment à la restructuration des finances du canton[6],[7] et y introduit les méthodes de gestion pratiquées dans le privé[8].
Il rejoint de nouveau le secteur privé en 1998, en tant que directeur de la filiale suisse de Fiduciary Trust, société de gestion américaine basée à New York[1],[4].
Le , il est nommé directeur général de la Banque cantonale de Genève (BCGE) avec l'aval de la conseillère d'État Micheline Calmy-Rey[1],[4]. La banque connaît alors de graves difficultés financières liées au repli des prix de l'immobilier en région genevoise : l'établissement a subi une perte de 5 milliards de francs suisses et vient d'être sauvé par le canton de Genève[6],[4]. La mission de Blaise Goetschin est dès lors d'assainir le bilan de la banque[4]. Celle-ci retrouve les chiffres noirs après quelques années, jusqu'à devenir l'une des banques cantonales helvétiques les plus performantes[9].
Il voit son mandat prolongé en jusqu'à ce qu'un remplaçant soit trouvé[10]. Il quitte son poste le [11].
Autres fonctions
Blaise Goetschin est notamment membre du conseil d'administration de l'Association suisse des banquiers de 2000[12] à 2024, du comité d'Économiesuisse de 2019[12],[13] à 2024, du comité du conseil d'administration de l'Union des Banques cantonales suisses de 2000[12] à 2024, et du conseil d'administration de Arab Bank (Switzerland) et de Gonet & Cie SA[14] depuis avril 2024[15].