Atsushi Ebihara est le coauteur de nombreux articles dont :
avec Sabine Hennequin, Sophie Bary, Jean-Yves Dubuisson et Élodie Boucheron-Dubuisson - Anatomical diversity and regressive evolution in trichomanoid filmy ferns (Hymenophyllaceae): A phylogenetic approach - Comptes Rendus Biologies, Volume 334, n° 12 - Paris : Académie des Sciences, - p. 880-895
avec Sabine Hennequin, Jean-Yves Dubuisson et Harald Schneider - Chromosome number evolution in Hymenophyllum (Hymenophyllaceae), with special reference to the subgenus Hymenophyllum - Molecular Phylogenetics and Evolution, Vol. 55, N° 1, 2010, p. 47-59.
avec Joël H. Nitta, David Lorence et Jean-Yves Dubuisson - New records of Polyphlebium borbonicum, an African filmy fern, in the New World and Polynesia. - American Fern Journal, n°99, 2009 - p. 200-206.
avec Sadamu Matsumoto et Motomi Ito, - Hybridization involving independent gametophytes in the Vandenboschia radicans complex (Hymenophyllaceae): a new perspective on the distribution of fern hybrids - Molecular Ecology, Vol. 18, N° 23, 2009, p. 4904-4911.
avec Sadamu Matsumoto et Motomi Ito - Taxonomy of the reticulate Vandenboschia radicans complex (Hymenophyllaceae) in Japan - Acta Phytotax. Geobot. Vol. 60, 2009, p. 26-40.
Notes on the Distribution of the Vandenboschia radicans Complex (Hymenophyllaceae) in Japan - Bulletin of the National Museum of Nature and Science, Séries B, Vol. 35, 2009, p. 71-89.
avec Donald R. Farrar et Motomi Ito - The sporophyte-less filmy fern of eastern North America Trichomanes intricatum (Hymenophyllaceae) has the chloroplast genome of an Asian species - American Journal of Botany, N° 95, 2008, p. 1645-1651. Disponible en téléchargement
avec Sabine Hennequin, Eric Schuettpelz, Kathleen M. Pryer et Jean-Yves Dubuisson - Divergence times and the evolution of epiphytism in filmy ferns (Hymenophyllaceae) revisited. - International Journal of Plant Sciences, Novembre/, Volume 169, N° 9, p. 1278-1287
avec K. Miyashita - Type Collection in the Herbarium of National Museum of Nature and Science (TNS). Ericales, Primulales and Lamiales - Bulletin of the National Museum of Nature and Science, Séries B, Vol. 33, 2008, p. 103-111.
Hymenophyllaceae collected in the Mt. Kinabalu Area in 2000 and 2007 - Memoirs of the National Museum of Nature and Science, Vol. 45, 2008, p. 105-110.
avec K. Miyashita, - Type Collection in the Herbarium of National Museum of Nature and Science (TNS). Salicales, Fagales, Urticales, Proteales, Santalales, Polygonales and Centrospermae - Bulletin of the National Museum of Nature and Science, Séries B, Vol. 33, 2008, p. 23-29.
avec Kunio Iwatsuki, Motomi Ito, Sabine Hennequin et Jean-Yves Dubuisson - A global molecular phylogeny of the fern genus Trichomanes (Hymenophyllaceae) with special reference to stem anatomy - Botanical Journal of the Linnean Society, Vol. 155, 2007, p. 1-27.
avec Kunio Iwatsuki - The Hymenophyllaceae of the Pacific Area 1. Hymenophyllum subgen. Hymenophyllum - Bulletin of the National Museum of Nature and Science, Séries B, Vol. 33, 2007, p. 55-68.
avec Sabine Hennequin, Motomi Ito, Kunio Iwatsuki et Jean-Yves Dubuisson - New insights into the phylogeny of the genus Hymenophyllum (Hymenophyllaceae): Revealing the polyphyly of Mecodium - Systematic Botany, Volume 31 n°2, 2006, p. 271-284
avec Sabine Hennequin, Motomi Ito, Kunio Iwatsuki et Jean-Yves Dubuisson - Phylogenetic systematics and evolution of the genus Hymenophyllum (Hymenophyllaceae: Pteridophyta) - Proceedings of the Ferns for the 21st Century Conference, Edinburgh 2004 - Fern Gazette N°17, 2006, p. 247-257.
avec Su-juan Lin et Kunio Iwatsuki - Cytological observations on Lindsaea trichomanoides (Lindsaeaceae), a fern species from New Zealand - J. Jpn. Bot. Vol. 81, 2006, p. 103-106.
avec Hiroshi Ishikawa, Sadamu Matsumoto, Su-juan Lin, Kunio Iwatsuki, Masayuki Takamiya, Yasuyuki Watano et Motomi Ito - Nuclear DNA, chloroplast DNA, and ploidy analysis clarified biological complexity of the Vandenboschia radicans complex (Hymenophyllaceae) in Japan and adjacent areas - American Journal of Botany, N° 92, 2005 p. 1535-1547 Document téléchargeable
avec Su-juan Lin, Misuzu Nagamoto et Kunio Iwatsuki - Hybridization and Reticulation in Japanese /Polystichum/ (Dryopteridaceae) - Sakura : Communication à l'International Symposium of Asian Plants Diversity and Systematics, 2004
avec Sabine Hennequin, Kunio Iwatsuki, Peter D. Bostock, Sadamu Matsumoto, Razali Jaman, Jean-Yves Dubuisson et Motomi Ito - Polyphyletic origin of Microtrichomanes (Prantl) Copel. (Hymenophyllaceae), with a revision of the species - Taxon, Vol.53, N° 4, 2004, p. 935-948 Résumé sur Jstor
avec Kunio Iwatsuki, Takeshi A. Ohsawa et Motomi Ito - Hymenophyllum paniense (Hymenophyllaceae), a new species of filmy fern from New Caledonia. Systematic Botany, Vol. 28(2), 2003, p. 228-235
avec Sabine Hennequin, Motomi Ito, Kunio Iwatsuki et Jean-Yves Dubuisson - Molecular systematics of the fern genus Hymenophyllum s.l. (Hymenophyllaceae) based on chloroplastic coding and noncoding regions - Molecular Phylogenetics and Evolution - Volume 27, 2003, p. 283-301.
avec Kunio Iwatsuki, S. Kurita and Motomi Ito - Systematic position of Hymenophyllum rolandi-principis Rosenst. or a monotypic genus Rosenstockia Copel. (Hymenophyllaceae) endemic to New Caledonia - Acta Phytotaxonomica et Geobotanica, N° 53, 2002, p. 35–49.
avec Kunio Iwatsuki et Motomi Ito - Hymenophyllaceae - Systematics and Revision for Flora Malesiana - Sydney : Communication au Pteridophyte Mini-symposium - a symposium and workshop on the ferns and fern allies of the Malesian region, 2001
