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L'AS Kigali est fondé en 2008. Le club est soutenu par la Ville de Kigali[2]. Kigali remporte toutes les éditions du championnat de 2009 à 2018.
En 2017-2018, une victoire 1-0 face au Scandinavia WFC lors de la dernière journée assure un dixième titre consécutif à l'AS Kigali[3]. La saison suivante, c'est le scénario inverse qui se produit, et Kigali n'est pas sacré champion pour la première fois de son histoire[4].
En 2021-2022, après 15 victoires en 15 matches, l'AS Kigali perd lors de la dernière journée de championnat, mais décroche malgré tout un nouveau titre[5]. Il représente donc le Rwanda pour la Ligue des champions féminine de la CAF 2022. Le club est éliminé en demi-finale du tournoi de qualification de la zone CECAFA par les Simba Queens[6]. Kigali remporte la Peace Cup en battant le Kamonyi FC en finale (4-0)[7]. En 2023, le club connaît de sérieuses difficultés financière, et ne peut plus payer les salaires des joueuses[8]. C'est finalement le sponsor qui renfloue le club. L'AS Kigali décroche son 12e titre de champion du Rwanda[2].