Il est connu pour ses recherches sur les maladies du foie dont les ictères, la physiopathologie de la sphérocytose héréditaire et sur l'hémochromatose.
Étude sur les déterminations gastriques de la fièvre typhoïde, J.-B. Baillière et fils (Paris), 1882, 1 vol. (108 p.) : 2 pl. en coul. ; in-8, lire en ligne sur Gallica.
Des crises dans les maladies, Asselin et Houzeau (Paris), 1886, 1 vol. (VIII-130 p.) ; in-8, lire en ligne sur Gallica.
« Xanthélasma disséminé et symétrique, sans insuffisance hépatique », in: Bulletins et mémoires de la Société médicale des hôpitaux de Paris, 1889, 3 sér., 6: 412-419.
Titres et travaux scientifiques, Masson et Cie (Paris), 1901, Texte intégral.
« Un cas d’anémie pernicieuse aplastique », in: Bull Soc Med Hop Paris, 21 (1904): 313.
« Pathogénie de l’ictère congénital de l’adulte », in: La semaine médicale, Paris, 1907, 27: 25-29, Texte intégral.
« Les ictères hémolytiques », in: La semaine médicale, Paris, 1908, 28: 45-49.
« Le cancer du corps du pancréas », in: Bull. Acad. de méd., Paris 60 (1908): 242.
Titres et travaux scientifiques, Masson et Cie (Paris), 1909, Texte intégral.
Hémoglobinurie hémolysinique avec ictère polycholique aigu (1909) [7].
« Pathogénie de l’ictère hémolytique congénital », in: Annales de médecine interne, Paris, 1914: 1-17.
Clinique médicale de Saint-Antoine. Leçons sur la lithiase biliaire, Masson et Cie (Paris), 1914, lire en ligne sur Gallica et 2e édition lire en ligne sur Gallica.
Les Hépatites amibiennes, autochtones et coloniales et leur traitement (1923) [7].
Les Ferments des leucocytes en physiologie, pathologie et thérapeutique générales. Préface de M. le professeur Chauffard (1925) [7].
Les calculs du cholédoque, [Pages retrouvées], in: Le progrès médical, , partie 1, p. 608-616 , [Texte intégral].
En collaboration
avec Victor Charles Hanot : « Cirrhose hypertrophique pigmentaire dans le diabète sucré », in: Revue de médecine, Paris, 1882, 2: 385-403.
avec F. Ramond : « Des adénopathies dans le rhumatisme chronique infectieux », in: Revue de Médecine, 16 (1896): 345.
G. Linossier: « Le premier cours de clinique du Professeur Chauffard () », in: Paris médical : la semaine du clinicien, 1912, no 06, p. 212, Texte intégral.
F. Rathery: « Nécrologie. A. Chauffard (1855-1932) », in: Paris médical : la semaine du clinicien, 1932, no 86, p. 424-27, Texte intégral.
Ph. Pagniez: « A. Chauffard (1855-1932) », in: La Presse médicale, 1932, no 92, p. 1729-30, Texte intégral.
« Hommage au Pr Chauffard », in: Le progrès médical, , partie 1, p. 593-608, Texte intégral.
J.C. Léonard et C. Morin: « Quelques pionniers de la rhumatologie pédiatrique », in: La Gazette de la Société Française d’Orthopédie Pédiatrique, octobre - , p. 5-8, Texte intégral.
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