François concentre son travail de recherche dans les îles du nord du Vanuatu. Après avoir publié plus particulièrement sur le mwotlap (2003), la langue la plus parlée dans cette région, il mène des recherches comparatives sur les dix-sept langues parlées dans les îles Torres et Banks. Ses travaux de linguistique historique -- le modèle de glottométrie historique -- remettent en cause la pertinence du modèle arborescent en phylogénétique des langues[5].
En 2002, il publie une monographie sur l’araki, une langue menacée, parlée dans un îlot au sud d’Espiritu Santo.
En 2012, il se rend à nouveau à Vanikoro avec l'IRD, occasion pour lui d'en étudier les deux langues les plus menacées, le lovono, et le tanema. La rencontre inattendue de deux habitants de l'île voisine d'Utupua, l'un parlant le tanibili (200 locuteurs) et l'autre l’asubuo (40 locuteurs), lui permet également de recueillir des données dans ces deux langues, très différentes des trois langues de Vanikoro[6].
En 2013, il publie, en collaboration avec l’ethnomusicologue Monika Stern, le disque Musiques du Vanuatu : Fêtes et Mystères, sur les traditions musicales et poétiques au nord du Vanuatu.
Jean-Michel Charpentier et Alexandre François, Atlas Linguistique de Polynésie Française — Linguistic Atlas of French Polynesia, Berlin/Papeete, De Gruyter/U.P.F., , 2562 p. (ISBN978-3-11-026035-9, lire en ligne)
Alexandre François, La sémantique du prédicat en mwotlap (Vanuatu), Louvain, Peeters, , 388 p. (ISBN978-2-87723-708-6).
(en) Alexandre François, « The languages of Vanikoro: Three lexicons and one grammar », dans Bethwyn Evans, Discovering history through language: Papers in honour of Malcolm Ross, Canberra, Australian National University, coll. « Pacific Linguistics 605 », (lire en ligne), p. 103-126.
(en) Alexandre François, « Social ecology and language history in the northern Vanuatu linkage: A tale of divergence and convergence », Journal of Historical Linguistics, John Benjamins, vol. 1, no 2, , p. 175-246 (ISSN2210-2116 et 2210-2124, lire en ligne).
(en) Alexandre François, « Trees, Waves and Linkages: Models of Language Diversification », dans Claire Bowern, Bethwyn Evans, The Routledge Handbook of Historical Linguistics, Londres, Routledge, coll. « Routledge Handbooks in Linguistics », , 161–189 p. (ISBN978-0-41552-789-7, lire en ligne)
(en) Alexandre François, « The dynamics of linguistic diversity : Egalitarian multilingualism and power imbalance among northern Vanuatu languages », International Journal of the Sociology of Language, vol. 214, , p. 85–110 (ISSN0165-2516 et 1613-3668, DOI10.1515/ijsl-2012-0022, résumé, lire en ligne)
(en) Alexandre François, Michael Franjieh, Sébastien Lacrampe et Stefan Schnell, « The exceptional linguistic density of Vanuatu », dans A. François, S. Lacrampe, M. Franjieh & S. Schnell, The Languages of Vanuatu: Unity and Diversity, Canberra, Asia Pacific Linguistics Open Access, coll. « Studies in the Languages of Island Melanesia » (no 5), (ISBN9781922185235, lire en ligne), p. 1–21.