Il est issu d’une famille franco-mauricienne de cinq enfants et fréquente l’école primaire du couvent de Lorette de Quatre-Bornes avant d’entamer des études secondaires au Collège du Saint-Esprit. Il devient séminariste à Angers et à Nantes à vingt ans, où il suit des études de philosophie et de théologie. Il est ordonnéprêtre le pour le diocèse de Port-Louis.
Alain Harel devient vicaire de la basilique Sainte-Hélène de Curepipe avant de diriger le Centre des vocations et de la formation des futurs séminaristes. Il arrive à Rodrigues comme curé de la paroisse du Sacré-Cœur à Saint-Gabriel en 1991 et occupe le poste de vicaire épiscopal à partir de 1994.
Il est membre de la Conférence épiscopale de l'océan Indien, (CEDOI) et a choisi comme devise : « Vous êtes le sel de la terre et la lumière du monde » (Mt. 5, 13-14).