L'origine de la municipalité remonte à un élevage fondé par les Espagnols. Elle était alors connue sous le nom de Sitio Balubad et faisait partie de Binalatongan (aujourd'hui San Carlos).
Le décret établissant Aguilar comme une entité administrative indépendante a été pris le par le gouverneur général des PhilippinesRafael María de Aguilar y Ponce de León(en), qui lui a donné son nom. Il a atteint la capitale provinciale Lingayen en août, mais ce n'est pas avant le que le gouverneur provincial a pu se rendre à Sitio Balubad pour son entrée en application. La ville a été formellement créée le , lorsque les premiers administrateurs locaux ont été nommés.