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En 1989, il participe avec 34 autres militants, à la création du « Front islamique du salut », aux côtés notamment de Abassi Madani et Ali Belhadj. Le « FIS », qui séduit une bonne partie de la jeunesse algérienne, déçue par le pouvoir et le parti-Etat du FLN et devient rapidement le 1er parti politique du pays. Après les arrestations de Belhadj et Madani en juin 1991, il est plébiscité par le congrès de Batna à la tête du comité exécutif du parti et convainc ce dernier de participer aux élections de 1991 et est l'artisan du succès. Fin , il est arrêté et libéré début novembre. Après l'interruption du processus électoral, il est de nouveau arrêté le , accusé notamment d'avoir appelé les soldats à protéger le choix du peuple. Détenu dans des conditions difficiles dans la prison de Serkadji, où il fait neuf grèves de la faim, il est jugé et condamné à 5 ans de prison ferme et à 3 ans de privation de ses droits civiques. En 1997, il est libéré après avoir passé cinq années et demie en prison ; une semaine, plus tard Abassi Madani fut libéré.
L'assassinat
Abdelkader Hachani meurt assassiné à Alger le , dans la salle d'attente d'un cabinet dentaire, à l'âge de 43 ans. Le président algérien Abdelaziz Bouteflika condamne cet assassinat et parle d'un « crime odieux »[2]. Des réactions d'indignation émanent aussi de personnalités politiques comme Ahmed Taleb Ibrahimi , président du parti « Wafa », ainsi que des instances affiliées au FIS à l'étranger ; de même que des Ulémas du monde musulman, à leur tète, Cheikh Al-Qaradaoui.