En 2003, il succède à Luke Ridnour, qui vient d'être drafté en NBA, au poste de meneur de jeu de l'équipe universitaire des Ducks de l'Oregon. Il est titulaire sur les quatre années avec les Ducks, et a enregistré en carrière 13,1 points, 3,5 rebonds et 4,1 passes décisives par match. Durant sa première année, il remporte les honneurs de Pac-10 All-Freshman. Après une décevante troisième année en Oregon, culminant par une suspension lors d’un match contre Washington, Brooks rebondit pour devenir l’un des principaux candidats au titre de Pac-10 Player of the Year. Il mène les Ducks à un rand nombre de victoires clés, y compris contre UCLA, classé premier, puis Arizona. À mi-saison, Brooks obtient en moyenne 19,1 points et 4,5 passes décisives par match pour mener l’Oregon au top 10 et un bilan global de 19-2. Les Ducks terminent à égalité pour la troisième place de la conférence Pac-10, et remportent le tournoi de conférence Pac-10 après une impressionnante compétition de trois jours contre l’Arizona, Cal et USC. L’Oregon se dirige vers la finale régionale du Midwest où il s'incline contre le champion en titre, Florida. Brooks est annoncé comme l’un des 22 finalistes du prix John R. Wooden, qui est décerné au meilleur joueur de basket-ball universitaire du pays. Il obtient son diplôme en sciences politiques en 2007.
En 2008-2009, il profite du transfert de Rafer Alston au Magic d'Orlando à la mi-saison pour s'imposer comme le meneur titulaire de l'équipe. En tant que titulaire, il obtient des moyennes d’environ 14,0 points et 4,5 passes décisives par match. Le 21 avril 2009, Brooks inscrit 11 points en 27 secondes lors d’une défaite contre les Trail Blazers de Portland, au premier tour des playoffs. Il réalise l'une des meilleures performances de sa carrière au second tour, face aux Lakers de Los Angeles, inscrivant 34 points et permettant ainsi aux Rockets, privés de Yao Ming, blessé, de revenir à 2-2 dans la série. Néanmoins, l'équipe est éliminée par les Lakers en sept matchs.
Lors de la saison 2009-2010, Brooks poursuit sa progression et s'impose définitivement comme le leader de l'équipe, en l'absence de Yao Ming pour cause de blessure, et de Tracy McGrady. Le , Brooks bat son record de points en un match contre les Timberwolves du Minnesota avec 43 unités, dans un match ayant connu 3 prolongations. Il bat également le record de la franchise pour le nombre de 3 points marqués en un match, avec 7 réalisations contre les Grizzlies de Memphis. En outre, il devient également le 6e joueur dans l'histoire de la NBA à réussir plus de 200 paniers à 3 points et 400 passes décisives sur une saison. Le 23 avril, il remporte le titre de NBA Most Improved Player grâce à des statistiques de 19,6 points, 5,3 passes décisives et 0,8 interception par match[1].
La saison suivante s'annonce pleines de promesses avec le retour de Yao Ming dans la raquette. Mais Aaron se blesse dès le cinquième match à la cheville et le pivot chinois est annoncé blessé pour la saison dans les jours suivants. Comme prévu, Brooks effectue son retour six semaines plus tard mais ne parvient pas à retrouver sa place de titulaire, qu'il doit laisser à Kyle Lowry.
Suns de Phoenix (2011)
Décevant depuis son retour, il est transféré à la mi-saison aux Suns de Phoenix, où il termine son année comme remplaçant du meneur canadien, Steve Nash.
Guangdong Southern Tigers (2011-2012)
Son contrat terminé, Brooks devient agent libre, et il profite de ce statut pour signer un contrat en Chine, lors du lock-out de la NBA durant l'intersaison, avec l'équipe de Guangdong Southern Tigers[3]. Le 6 janvier 2012, Brooks marque 40 points en jouant 38 minutes contre Tianjin Ronggang. Le 16 février 2012, Brooks est choisi comme remplaçant pour le All-Star Game 2012[4]. Il parvient à emmener l'équipe jusqu'en finale mais s'incline face aux Beijing Ducks, menés par Stephon Marbury.
Kings de Sacramento (2012-2013)
Après une année sans avoir joué au sein de la ligue américaine, il signe un contrat avec les Kings de Sacramento. Le , il est coupé par les Kings[5].
Rockets de Houston (2013-2014)
Le 5 mars 2013, quatre jours plus tard, il s'engage avec les Rockets de Houston[6]. Le 17 juillet 2013, il est conservé par les Rockets pour la saison suivante[7].
Le 21 septembre 2017, il rejoint les Timberwolves du Minnesota pour la saison 2017-2018[12]. Il quitte la ligue américaine, à l'issue de cette saison.
Illawarra Hawks (2019)
Le 20 juin 2019, Brooks signe un contact avec l'équipe d'Illawarra Hawks en Australie pour la saison 2019-2020 de la NBL. Le 28 octobre, il doit mettre un terme à sa saison, à la suite d'une blessure grave au tendon d'Achille gauche[13].
Carrière d'entraîneur
En décembre 2020, il intègre l'équipe technique des Knicks de New York, pour s'investir dans le développement des joueurs en situation de "two-way contract". Il rejoint ainsi, Tom Thibodeau, son ancien entraîneur à Chicago et Minnesota[2].
La fondation Aaron Brooks
Le , Brooks décide de créer sa propre fondation pour aider les enfants vivant des milieux défavorisés et touchés par le crime, pour parfaire leur éducation. La fondation Aaron Brooks propose donc des programmes d'éducation aussi bien civique que sportive, autour de crédos comme l'esprit d'équipe, l'éthique et la persévérance.
Implantée à Houston, Seattle et dans l'Oregon, la fondation cherche également à atténuer le problème de l'obésité infantile, qui touche près d'un enfant sur cinq aux États-Unis. Elle recueille également différents dons via des événements caritatifs tels que des tournois de bowling, basket-ball ou de golf[14].
Récompenses
2003 : McDonald's All-American
2004 : Sélectionné dans la All-Pac-10 des Freshman
2007 : Sélectionné dans le meilleur cinq de la All-Pac-10
2007 : Sélectionné dans le second meilleur cinq de la All-American – Sporting News
2007 : Vainqueur du concours de lancers à 3 points de la NCAA
2007 : Sélectionné dans la John Wooden All-American Team
2007 : Sélectionné dans la 3e AP All-American Team