L'édition d'ARNm est l’un des mécanismes de génération de diversité protéique. Les membres de cette famille de protéines sont des enzymes d'édition de C-vers-U, c’est-à-dire de Cytidine en Uridine.
L'extrémité N-terminale des protéines de type APOBEC est un domaine catalytique, alors que l'extrémité C-terminale est un domaine pseudocatalytique.
Plus spécifiquement, le domaine catalytique est un domaine de cytidine désaminase dépendant du zinc, et est essentiel pour la désamination de la cytidine.
L'édition d'ARN par l'APOBEC-1 nécessite une homodimérisation et ce complexe interagit avec les protéines de liaison à l'ARN pour former l'éditosome[1].
Une revue de 2013 a discuté des aspects structurels et biophysiques des enzymes de la famille APOBEC3[3].
Dans le cas de la COVID-19 ?
L'édition d'ARN par les désaminases de l'hôte est un processus de restriction inné qui contre de nombreuses infections virales, mais en juin 2020, on ne sait pas encore si ce processus fonctionne contre les coronavirus.
En étudiant des séquences d'ARN prélevé dans les fluides de lavage broncho-alvéolaire échantillonnés chez des patients infectés par un coronavirus, on observe des changements de nucléotides pouvant être des « signatures » de l'édition d'ARN[4] :
des changements de la cytosine en uracile des APOBEC désaminases.
L'analyse mutationnelle des génomes de différentes souches de Coronaviridae provenant d'hôtes humains révèle des profils de mutation cohérents avec ceux observés dans les données transcriptomiques mais la réduction de la signature ADAR dans ces données soulève la possibilité que les ADAR pourraient être plus efficaces que les APOBEC pour limiter la propagation virale[4].
Une étude publiée en 2020 a conclu que les APOBEC et les ADAR sont impliqués dans l'édition du génome des coronavirus, un processus qui peut façonner le destin du virus et du patient[4].
Aspects génétiques relatifs aux membres de cette famille
Les gènes humains encodant les membres des protéines de la famille des APOBEC incluent :
↑(en) Joseph E. Wedekind, Geoffrey S.C. Dance, Mark.P. Sowden et Harold æC. Smith, « Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business », Trends in Genetics, vol. 19, no 4, , p. 207–216 (DOI10.1016/S0168-9525(03)00054-4, lire en ligne, consulté le )
↑ ab et c(en) Salvatore Di Giorgio, Filippo Martignano, Maria Gabriella Torcia et Giorgio Mattiuz, « Evidence for host-dependent RNA editing in the transcriptome of SARS-CoV-2 », Science Advances, vol. 6, no 25, , eabb5813 (ISSN2375-2548, DOI10.1126/sciadv.abb5813, lire en ligne, consulté le )
(en) Salvatore Di Giorgio, Filippo Martignano, Maria Gabriella Torcia et Giorgio Mattiuz, « Evidence for host-dependent RNA editing in the transcriptome of SARS-CoV-2 », Science Advances, vol. 6, no 25, , eabb5813 (ISSN2375-2548, DOI10.1126/sciadv.abb5813, lire en ligne, consulté le )
(en) Raymond J. Cho, Ludmil B. Alexandrov, Nicoline Y. den Breems et Velina S. Atanasova, « APOBEC mutation drives early-onset squamous cell carcinomas in recessive dystrophic epidermolysis bullosa », Science Translational Medicine, vol. 10, no 455, , eaas9668 (ISSN1946-6234 et 1946-6242, DOI10.1126/scitranslmed.aas9668, lire en ligne, consulté le )
(en) T. Eto, K. Kinoshita, K. Yoshikawa et M. Muramatsu, « RNA-editing cytidine deaminase Apobec-1 is unable to induce somatic hypermutation in mammalian cells », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 100, no 22, , p. 12895–12898 (ISSN0027-8424 et 1091-6490, PMID14559972, PMCIDPMC240715, DOI10.1073/pnas.2135587100, lire en ligne, consulté le )
(en) Brad R Rosenberg, Claire E Hamilton, Michael M Mwangi et Scott Dewell, « Transcriptome-wide sequencing reveals numerous APOBEC1 mRNA-editing targets in transcript 3′ UTRs », Nature Structural & Molecular Biology, vol. 18, no 2, , p. 230–236 (ISSN1545-9993 et 1545-9985, PMID21258325, PMCIDPMC3075553, DOI10.1038/nsmb.1975, lire en ligne, consulté le )
.svg){kind=small}
