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Ces divisions sont dirigées chacune par un officier général de Marine appelé « sous-chef d'État-major de la division » (concernée dans la liste qui suit, par exemple la « SCEM[Quoi ?] Plans »).
Les divisions sont composées de bureaux, eux-mêmes divisés en cellules ou sections :
une division de ressources humaines comprenant :
un Bureau politique ressources humaines ;
un bureau des effectifs ;
un bureau de la condition du personnel de la Marine ;
un bureau du personnel civil ;
la Chancellerie ;
division de plans :
Bureau d'études de plans généraux ;
bureau des finances ;
bureau d'organisation - réglementation - administration ;
bureau des infrastructures ;
bureau d'audit et organisation ;
bureau d'action de l'État en mer ;
division de programmes :
bureau de programmes aéronautiques ;
bureau de programmes sous-marins ;
bureau de programmes des bâtiments de surface ;
bureau des programmes de systèmes d'armes et équipements ;
bureau des programmes de plates-formes et de logistique initiale ;
bureau des programmes de télécommunication, systèmes d'information et de commandement ;
pôle de relations internationales (bureau de la coopération et des relations extérieures).
Le sous-chef d'État-major des « opérations — logistiques » assure aussi des fonctions opérationnelles, on l'appelle également ALOPS (Amiral commandant Les OPérationS), placé aussi sous la tutelle plus directe du chef d'État-major des armées.