El Torneo Nacional de Tercera División de Chile de 2006 fue disputado por 44 equipos de todo el país, con jugadores nacionales menores de 23 años, razón por la cual el torneo, en todas sus ediciones, es conocido como Torneo Nacional Sub-23.
El Campeonato se jugó entre marzo y diciembre de 2006, en cinco fases. Entregó un cupo de ascenso a la Primera B, obtenido por Municipal Iquique, campeón del Torneo, y, dado que no existe una división inferior, no se ha consideró descenso.
Movimientos divisionales
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| Pos
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 a Asociación de Origen
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| 5º (ZC)
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Santa Fe (Disuelto)
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Equipos participantes
Notas
- ↑ No participó en el Torneo de Apertura.
- ↑ Por esa temporada, jugó de local en Chuquicamata.
- ↑ Chiprodal cambió su nombre a Graneros Unido.
- ↑ Instituto Nacional se trasladó desde Vitacura a Santiago.
- ↑ Deportes Linares cambió su nombre a Linares Unido.
- ↑ En reemplazo de Santa Fe.
- ↑ Deportes Arica cambió su nombre a San Marcos de Arica.
Torneo de apertura «Hugo Silva Verdugo»
Primera fase
Zona sur
Zona Centro Sur
Zona Centro 1
Zona Centro 2
Zona Centro Norte
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Clasificado a la Segunda fase.
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Zona norte
La Zona Norte se dividió en dos grupos: Zona Norte A y Zona Norte B. En el primer grupo jugaron San Marcos de Arica, Universidad Arturo Prat, Municipal Alto Hospicio y Deportes Tocopilla, mientras que en el segundo lo hicieron Revisora Ormazábal, Municipal Iquique, Universidad de Tarapacá y Cooferro. Los dos primeros de cada grupo clasificaban a semifinales, enfrentándose en partidos de ida y vuelta. Los ganadores llegaban a la final, en la cual, también en partidos de ida y vuelta, definía al equipo clasificado a la segunda fase del Torneo de Apertura.
Zona Norte A
Zona Norte B
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Clasificado a la Semifinales.
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Semifinales
Marcador agregado 2–2. Universidad Arturo Prat avanza a semifinales de la Zona Norte por la regla del gol de visitante.
Marcador agregado 3–3. San Marcos de Arica avanza a semifinales de la Zona Norte por definición a penales (5-4).
Final
Marcador agregado 6–3. San Marcos de Arica avanza a la segunda fase del Torneo de Apertura de la Tercera División de Chile 2006.
Segunda fase
Cuartos de final
Colchagua avanza a semifinales del Torneo de Apertura por definición a penales (4-2).
San Marcos de Arica avanza a semifinales del Torneo de Apertura por definición a penales (5-4).
No obstante perder con Colchagua, Deportes Valdivia clasificó como mejor perdedor a semifinales.
Semifinales
A los ganadores se les asignaban tres puntos de bonificación para el Torneo de Clausura, mientras que a los perdedores se les asignaba un punto.
Final
Torneo de clausura «Hugo Silva Verdugo»
Primera fase
Zona sur
Zona Centro Sur
Zona Centro 1
Zona Centro 2
Zona Centro Norte
Zona norte
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Clasificado a la Segunda fase.
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Segunda fase
Marcador agregado 4–4. Deportes Valdivia avanza a la tercera fase por definición a penales (4-2).
Marcador agregado 3–1. Hosanna avanza a la tercera fase.
Marcador agregado 10–5. Trasandino avanza a la tercera fase.
Marcador agregado 1–0. Instituto Nacional avanza a la tercera fase.
Marcador agregado 3–2. Iberia avanza a la tercera fase.
Marcador agregado 4–0. Municipal Iquique avanza a la tercera fase.
Tercera fase
Nota: Hosanna clasifica como mejor perdedor..
Cuadrangular Final
Campeón
Notas
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