Algunas prefecturas de Japón están, o algunas vez estuvieron, divididas en "subprefecturas". La subprefectura es la jurisdicción que rodea las oficinas ramales (支庁,shichō?) de los gobiernos de las prefecturas. Normalmente, el área de una subprefectura consiste en menos de una docena de ciudades, pueblos y villas. Las subprefecturas son formadas para proveer servicios del gobierno prefectural en áreas geográficas remotas. Generalmente no se indican en las direcciones postales.
Okinawa tiene 2 subprefecturas Miyako y Yaeyama, ubicadas en las islas de Miyakojima y Ishigaki respectivamente. Esas oficinas proveen servicios gubernamentales al archipiélago que rodea a las dos islas.
Shimane contiene 1 subprefectura que gobierna las Islas Oki. Esta es la oficina gubernamental más cercana a las Rocas de Liancourt, un pequeño grupo de islas mantenidas por Corea del Sur, pero que Japón reclama como propias.
Yamagata está dividida en 4 subprefecturas, cada una de las cuales está ubicada en una de las cuatro áreas urbanas principales de la prefectura (Yamagata, Shinjo, Yonezawa y Shonai).
Subprefecturas históricas
Hyōgo estuvo dividida en 10 subprefecturas que actualmente se conocen como burós ciudadanos (県民局,kenmin-kyoku?).
Chiba estuvo dividida en 5 subprefecturas hasta 2003, cuando las oficinas ramales fueron renombradas a centros ciudadanos (県民センター,kenmin-sentā?).
Un número de islas ganadas por Japón en el Tratado de Versalles fueron colocadas bajo la dirección de la Prefectura del Pacífico Sur (南洋庁,Nan'yōchō?) de 1922 a 1945. Estuvo dividida en 6 subprefecturas, en las islas de Saipán, Yap, Palaos, Truk, Pohnpei y Jaluit. En noviembre de 1943, las seis subprefecturas fueron unidas en Subprefecturas Este, Oeste y Norte hasta la rendición de Japón
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