La temporada 2016-17 de Segunda División de fútbol sala fue la 28.ª edición de la Segunda División de la Liga Nacional de Fútbol Sala de España. Comenzó el 17 de septiembre de 2016 y el play-off finalizó el 1 de mayo de 2017. Se disputó en formato de liga, con una fase regular, que enfrentaba todos contra todos a los 14 equipos participantes. Obtuvo el título de campeón FC Barcelona "B" Lassa. Al no poder ascender por ser equipo filial, ascendió el subcampeón, Naturpellet Segovia. El restante ascenso fue para el ganador de la eliminatoria disputada por los clasificados de la 2.ª a la 5.ª posición. El último clasificado descendió a Segunda División B.
Equipos participantes
Clasificación
Playoff de ascenso a Primera División
ElPozo Ciudad de Murcia al ser equipo filial, no disputó el play-off al no poder ascender a Primera División.
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