A su regreso a España fue nombrado consejero de la Cámara de Castilla y ordenado caballero de la orden de Alcántara, de la que fue clavero y comendador de La Magdalena; en 1584 fue designado para ocupar la presidencia del Consejo de Hacienda, y en 1592 de la de Castilla. Actuó como juez en el proceso contra el secretario del rey, Antonio Pérez. Tras la muerte de Felipe II, su sucesor Felipe III le hizo miembro del consejo de Estado, pero las intrigas del conde de Miranda Juan de Zúñiga Avellaneda y Bazán provocaron su caída, haciendo que el rey le nombrase a este para sucederle en la presidencia del Consejo de Castilla.[3] Su ascendiente en la política castellana era tal que las Cortes de Castilla, reunidas en ese momento, se opusieron oficialmente a su destitución.[4]
Desterrado de la corte, se retiró a El Carpio, donde murió en agosto de 1599, pocos meses después de su cese como consecuencia de la complicación de unas hemorroides, siendo enterrado en el panteón familiar de la iglesia de Santiago Apóstol de dicha localidad.[5]