Fue gobernado por reyes independientes hasta el año 1032, cuando cayó en la órbita del Sacro Imperio Romano Germánico. Después de 1032, la existencia del Arelato como poder central de sus territorios fue meramente de iure, dividido en pequeños dominios feudales que fueron cayendo en poder de sus vecinos (reino de Francia, cantones helvéticos, etc.), hasta que la práctica totalidad de sus últimos remanentes pasaron finalmente al reino de Francia, en 1378. Uno de esos últimos remanentes, el condado de Saboya (convertido en ducado de Saboya en 1416), puede ser considerado como el heredero del reino de Arlés, pues a lo largo de los siguientes siglos logró reunir parte de los territorios del citado reino, hasta que la Revolución francesa expulsó a la Casa de Saboya de la cuenca del Ródano haciéndola bascular hacia el Piamonte e Italia. Desde allí encabezaron el proceso de Unificación Italiana y se convirtieron en reyes de Italia reunificada.
El hijo de Rodolfo I, Rodolfo II de Borgoña, logró reunir los dos reinos de la Alta y la Baja Borgoña en el nuevo reino de Arlés cuando el bosónida Hugo de Arlés, rey de Italia, le cedió en el año 933 el reino de Provenza, también llamado reino de la Baja Borgoña, a cambio de la renuncia por parte de Rodolfo II a la corona de Italia. En el pacto también se convino el matrimonio entre la hija de Rodolfo, Adelaida, con el hijo de Hugo, Lotario. En 937, a Rodolfo II le sucedió su hijo Conrado el Pacífico, rey de Borgoña, a quien en 993 sucedió a su vez su hijo Rodolfo III de Borgoña, último de los reyes güelfos de Borgoña.
El Arelato en el Sacro Imperio Romano Germánico
El 6 de septiembre de 1032, a la muerte de Rodolfo III, se produjo una disputa entre el emperadorConrado II el Salio —designado heredero del reino borgoñón por el difunto rey— y otro sobrino de este último, el conde de Blois y TroyesEudes II, el heredero más directo de Rodolfo. Este el conflicto de la Sucesión de Borgoña (1032-1034), que tras de dos años de lucha entre los dos primos acabará favoreciendo al emperador, que incorporará así el reino al Imperio.
Aunque sus sucesores en el Sacro Imperio se contaran como reyes de Alemania, de Italia y de Arlés, pocos viajaron hasta Arlés para ser coronados en su catedral:
La mayor parte del territorio de la Baja Borgoña fue progresivamente incorporado a la corona de Francia, mientras que las partes orientales de la Alta Borgoña fueron adquiridas por las casas de Zähringen y de Habsburgo. Federico Barbarroja, al casarse con Beatriz de Borgoña, la heredera del Franco Condado de Borgoña, añadió esos territorios occidentales del reino de Arlés al dominio personal del emperador, titulándose conde.