Antes de ser nombrado como contralor General de la República, Mendoza se desempeñó como abogado en el estudio jurídico Mendoza, Reyes, Aróstica & Zavala y posteriormente, estuvo a cargo del Área de Derecho Público del estudio jurídico Philippi, Yrarrázaval, Pulido & Brunner (actual Philippi, Prietocarrizosa & Uría) como socio de la firma.
Actualmente, es árbitro del Centro de Arbitraje y Mediación de la Cámara de Comercio de Santiago, consejero del Colegio de Abogados de Chile (el cual presidió entre enero de 2022 y enero de 2024) y juez árbitro para la Corte Apelaciones de Santiago. Asimismo, desde febrero de 2016, es socio del estudio jurídico MOMAG abogados SPA.
Además, ha impartido cursos de postgrado como profesor visitante en la Universidad de Concepción y se ha desempeñado como docente en diversas universidades extranjeras (Universidad Mayor de San Simón, Cochabamba, y UPSA, Santa Cruz de la Sierra (ambas de Bolivia), y en la Universidad Austral de Buenos Aires (Argentina). Asimismo, ha sido profesor en el Magíster de la Universidad del Desarrollo (sede Concepción), siendo miembro del Comité Académico de dicho postgrado. Además, ha impartido clases en el Máster en Derecho Constitucional e Instituciones Públicas, de la Universidad Diego Portales (2003-2004); en el Magíster en Derecho de la Empresa, de la Universidad de Los Andes (2004); y en el Diplomado “Derecho y Regulación”, de la Universidad Andrés Bello (2004). En mayo de 2005, formó parte del cuerpo docente del Magíster del Derecho de la Empresa, de la Universidad del Desarrollo (sede Santiago). Desde ese año ha sido profesor del Diplomado en Derecho Administrativo Económico y del Magíster del Derecho de la Empresa, de la Universidad Católica de Chile. Es también profesor, desde el año 2005, del Magíster en Derecho de la Empresa, de la Universidad Adolfo Ibáñez. Desde 1992 es académico del Programa de Magíster en Derecho Público, de la Universidad Católica de Chile, donde imparte la cátedra “Dominio Público y Expropiación en el Derecho Nacional”.
Entre mayo de 2015 y junio de 2020, se desempeñó como Decano de la Facultad de Derecho de la Universidad Adolfo Ibáñez.
El 17 de enero de 2015 el contralor sufrió un accidente en su motocicleta al ser colisionado por un vehículo en la comuna de Providencia.[2] Mendoza fue trasladado a la Clínica Alemana de Santiago, donde se le constató una fractura a la columna.[3] En marzo de 2015 retomó sus funciones.