Radja Nainggolan llegó proveniente de las categorías inferiores del K.F.C. Germinal Beerschot de Bélgica al Piacenza Calcio a finales de 2005 cuando tenía 17 años. A pesar de su corta edad jugó dos partidos de la Serie B para el Piacenza durante dos temporadas diferentes.
Radja Nainggolan jugó 38 partidos de la temporada 2008-09, donde su club terminó en la décima posición de la tabla, logrando anotar tres goles. El 27 de enero de 2010 fue cedido con opción a compra al Cagliari Calcio de la Serie A. Hizo su debut de liga para el Cagliari el 7 de febrero, logrando jugar siete minutos en la derrota 3-0 ante el Inter de Milán.
Cagliari
El 21 de junio de 2010, el Cagliari Calcio anunció de manera oficial la compra de Nainggolan, tras haber estado en club durante seis meses con un contrato de cesión. En octubre de 2013, tras haber jugado tres temporadas para Cagliari, Nainggolan renovó su contrato hasta el año 2016. Sin embargo, el 7 de enero de 2014, Nainggolan fue cedido al AS Roma hasta el final de la temporada 2013-14 con una cuota de 3 millones de euros y una opción a compra por seis millones.
Roma
Nainggolan hizo su debut con su nuevo equipo el 9 de enero de 2014, en una victoria en casa por 1-0 ante la UC Sampdoria por la Copa de Italia, la Roma logró clasificarse a los cuartos de final. Doce días después, en los cuartos de final, la Roma se enfrentó a la Juventus; Nainggolan jugó los 90 minutos del partido y el equipo pasó a semifinales.
Inter de Milán
El 26 de junio de 2018 llegó del AS Roma al equipo inter de Milan se hizo oficial su llegada al equipo italiano[2] por un montante de traspaso de 40 millones de euros.
Regreso al Cagliari
El 5 de agosto de 2019 el Inter de Milán anunció su cesión al Cagliari Calcio por una temporada.[3] Inició la temporada 2020-21 con el Inter de Milán, aunque a finales de diciembre volvió a ser prestado al conjunto sardo.[4]
Besiktas
Tras haber realizado hasta ese momento toda su carrera en el fútbol italiano, el 14 de agosto de 2021 firmó por dos años con el BesiktasC. de su ciudad natal.[5]
En octubre de 2022 fue separado indefinidamente de su equipo al ser descubierto fumando en el banquillo de suplentes.
Selección nacional
Ha sido internacional con la selección de fútbol de Bélgica en distintas ocasiones y categorías. Con las selecciones juveniles participó en las categorías sub-16, sub-19, sub-20 y sub-21, logrando un total de un gol en dieciocho partidos disputados.
Nainggolan nació en Amberes. Es hijo de Lizy Bogaerts, quien lo crio junto a sus tres hermanastros y su hermana gemela (Riana Nainggolan, también futbolista), y de Marianus Nainggolan, quien abandonó a su familia cuando Radja era un niño.
Lizy Bogaerts, madre de Radja, falleció en 2010, y tras su muerte él se tatuó en su espalda dos alas grandes con la fecha de nacimiento y fallecimiento de su madre. Radja Nainggolan habla tres idiomas: neerlandés, inglés e italiano, y comprende el francés, también sabe hablar un poco Mandarín.