PCR múltiple

Una PCR múltiple refiere al uso de reacción de cadena de la polimerasa para amplificar varias secuencias de ADN diferentes simultáneamente (como si se realizaran muchas reacciones de PCR separadas todas juntas en una sola reacción). Este proceso amplifica ADN en las muestras que utilizan múltiples primers y una ADN polimerasa mediada por temperatura en un termociclador. El diseño de cada par de primers tiene que ser optimizado de modo que todos puedan trabajar a la misma temperatura de hibridación durante la PCR.

La PCR múltiple fue descrita por primera vez en 1988 como un método para detectar deleciones en el gen de la distrofina.[1]​ También ha sido utilizada con el gen de la esteroide sulfatasa.[2]​ En 2008, se empleó PCR múltiplee para el análisis de microsatellites y SNPs.[3]​ En 2020, se diseñaron ensayos de RT-PCR combinando múltiples genes diana del Centro para el Control y Prevención de Enfermedades en una sola reacción para aumentar la accesibilidad y el rendimiento del diagnóstico del SARS-CoV-2.[4]​

La PCR múltiple consta de múltiples pares de primers dentro de una sola mezcla de PCR para producir amplicones de varias longitudes que son específicas de diferentes secuencias de ADN. Annealing Temperaturas para cada del primer los conjuntos tienen que ser optimizados para trabajar correctamente dentro de una reacción sola, y amplicon medidas, i.e., su longitud de par de la base, tendría que ser bastante diferente para formar las bandas distintas cuándo visualizadas por electroforesis en gel. Alternativamente, si coinciden las longitudes de algunos amplicones, éstos pueden diferenciarse y visualizarse mediante primers teñidos con distintas sondas fluorescentes.

Aplicaciones

Algunas de las aplicaciones del PCR múltiple incluyen:

  • Identificación de patógenos[5]​
  • Genotipificación de alto rendimiento de SNP[6]​
  • Análisis de mutaciones[7]​
  • Análisis de deleción de genes[8]​
  • Cuantificación de secuencia molde[9]​
  • Análisis de conexión[10]​
  • Detección de ARN[11]​
  • Estudios forenses[12]​
  • Análisis de dieta[13]​

Referencias

  1. ↑ «Deletion screening of the Duchenne muscular dystrophy locus via multiplex DNA amplification». Nucleic Acids Research 16 (23): 11141-11156. 1988. PMC 339001. PMID 3205741. doi:10.1093/nar/16.23.11141. 
  2. ↑ «Screening for steroid sulfatase (STS) gene deletions by multiplex DNA amplification». Human Genetics 84 (6): 571-573. 1990. PMID 2338343. doi:10.1007/BF00210812. 
  3. ↑ «Multiplex-ready PCR: a new method for multiplexed SSR and SNP genotyping». BMC Genomics 9: 80. 2008. PMC 2275739. PMID 18282271. doi:10.1186/1471-2164-9-80. 
  4. ↑ Perchetti, GA; Nalla, AK; Huang, ML; Jerome, KR; Greninger, AL (2020). «Multiplexing primer/probe sets for detection of SARS-CoV-2 by qRT-PCR». Journal of Clinical Virology 129: 104499. PMC 7278635. PMID 32535397. doi:10.1016/j.jcv.2020.104499. 
  5. ↑ Järvinen, Anna-Kaarina; Laakso, Sanna; Piiparinen, Pasi; Aittakorpi, Anne; Lindfors, Merja; Huopaniemi, Laura; Piiparinen, Heli; Mäki, Minna (2009). «Rapid identification of bacterial pathogens using a PCR- and microarray-based assay». BMC Microbiology 9: 161. PMC 2741468. PMID 19664269. doi:10.1186/1471-2180-9-161. 
  6. ↑ Myakishev, M. V. (2001). «High-Throughput SNP Genotyping by Allele-Specific PCR with Universal Energy-Transfer-Labeled Primers». Genome Research 11 (1): 163-169. PMC 311033. PMID 11156625. doi:10.1101/gr.157901. 
  7. ↑ Morlan, John; Baker, Joffre; Sinicropi, Dominick (2009). «Mutation Detection by Real-Time PCR: A Simple, Robust and Highly Selective Method». PLOS ONE 4 (2): e4584. Bibcode:2009PLoSO...4.4584M. PMC 2642996. PMID 19240792. doi:10.1371/journal.pone.0004584. 
  8. ↑ Abbs, S; Bobrow, M (1992). «Analysis of quantitative PCR for the diagnosis of deletion and duplication carriers in the dystrophin gene». Journal of Medical Genetics 29 (3): 191-196. PMC 1015896. PMID 1552558. doi:10.1136/jmg.29.3.191. 
  9. ↑ «Welcome | Forensic DNA Profiling Facility». 
  10. ↑ Reis, Andre (1991). «PCR in Linkage Analysis of Genetic Diseases». PCR Topics. pp. 75-79. ISBN 978-3-540-52934-7. doi:10.1007/978-3-642-75924-6_15. 
  11. ↑ Miyakawa, Y.; Yoshizawa, H.; Mishiro, S.; Machida, A.; Akahane, Y.; Sugai, Y.; Tanaka, T.; Sugiyama, Y. et al. (August 1990). «Detection of hepatitis C virus RNA by a two-stage polymerase chain reaction with two pairs of primers deduced from the 5'-noncoding region». The Japanese Journal of Experimental Medicine 60 (4): 215-222. PMID 1963453. 
  12. ↑ «DNA Evidence: Basics of Analyzing». 
  13. ↑ Dunshea, Glenn (2009). «DNA-Based Diet Analysis for Any Predator». PLOS ONE 4 (4): e5252. Bibcode:2009PLoSO...4.5252D. PMC 2668750. PMID 19390570. doi:10.1371/journal.pone.0005252.