El primer acto del gobierno de José Tadeo Monagas fue nombrar a José Antonio Páez como Jefe de operaciones contra los rebeldes. El Indio Rangel continuó los ataques al gobierno derrotando a Julián Castro Contreras en Los Leones. Juan Bautista Rodríguez logra derrotar a Rangel, quien emprende la retirada y pronto es asesinado en una emboscada. El 26 de marzo Ezequiel Zamora es hecho prisionero y condenado a muerte, sin embargo el 5 de noviembre José Tadeo Monagas le conmutó la pena de muerte por 10 años de prisión, pero durante un traslado Zamora se escapa de las autoridades y se esconde en El Hatillo.[5]
Figuran en el gobierno figuras conservadoras como José María Carreño, Andrés Narvarte, José María Vargas y Ángel Quintero. Sin embargo el gran número de indultos, amnistías y salvoconductos otorgados a sus enemigos políticos del Partido Conservador como Pedro Vicente Aguado,[7] cuyo episodio más controversial fue la conmutación de pena de muerte por exilio perpetuo a Antonio Leocadio Guzmán, provocaron una crisis interna en el gobierno, donde casi todos los ministros conservadores renunciaron,[5] a excepción de José María Carreño, aunque renunciaría poco después.[7]
Monagas tomó ciertas medidas destinadas a defender su gobierno pasando a retiro a oficiales del ejército activo y desarmando a las milicias conservadoras, mientras armaba milicias liberales progubernamentales,[8] careciendo muchos de ellos de sus requisitos legales. El 12 de mayo de 1847 se disuelve la Guardia Nacional de Policía. Destituye al general José María Zamora, comandante de Armas de Caracas y es reemplazado por Santiago Mariño. José Antonio Páez le propuso a Monagas reunirse para calmar los ánimos, pero este último no asistió.[7]
Tras la aplicación de una serie de medidas consideradas por sus adversarios como arbitrarias,[6] El Partido conservador quien dominaba el Congreso decide enjuiciar al presidente José Tadeo Monagas.[5] Sin embargo trifulcas liberales interrumpen en el Congreso ocasionando un enfrentamiento que dejó 3 diputados muertos, Santos Michelena fue herido de gravedad y murió poco después, además de 4 milicianos muertos y un sastre partícipe de la trifulca.[7] Estos hechos determinaron la aclamación de José Tadeo Monagas quien logró someter al Congreso e imponer su poder personal.[6]
El nuevo Congreso dócil al poder ejecutivo le otorga facultades extraordinarias al presidente. El 27 de enero se dio una amnistía general a todos los caudillos liberales que habían sido condenados por el gobierno conservador, incluyendo a Ezequiel Zamora. Antonio Leocadio Guzmán fue hecho Ministro de Interior y Justicia y después en vicepresidente, y a Ezequiel Zamora lo nombra comandante del ejército. Se corría la voz del pronunciamiento, desconociéndose al Gobierno en las provincias de Margarita, Cumaná, Guayana, Apure, Maracaibo, Coro, Trujillo y Mérida. Inmediatamente el presidente autorizó a los gobernadores de todas las provincias para que gestionaran por sí mismos empréstitos hasta por la suma de 30.000 pesos para mantener su lealtad. El 30 de enero se decreta el servicio militar obligatorio y son nombrados Santiago Mariño y José Gregorio Monagas jefe y segundo jefe del ejército respectivamente.[7]
El 21 de junio de 1848 un grupo comandado por Lorenzo Belisario ataca la guardia presidencial en la casa de José Tadeo Monagas, en la contienda resultó herido Belisario al pisarlo su propio caballo, lo que hizo creer a su compañeros que había muerto, por lo cual huyeron en retirada.[9] Juan Antonio Sotillo derrota a Felipe Macero[5] y posteriormente a los hermanos Lorenzo Belisario y Nicasio Belisario en el paso del Manapire el 17 de julio, Sotillo hace decapitar sus cuerpos y le envía las cabezas al presidente José Tadeo Monagas.[9]
El 3 de abril de 1849 se modifico la Ley sobre Conspiradores, aboliendo la pena capital por razones políticas.[10] Antonio Leocadio Guzmán renuncia a la vicepresidencia ese mismo año. También se modificaron la Ley de Libertad de Contratos y la Ley de Espera y Quita, la modificación de esta última fue la más controversial ya que afectaba las inversiones extranjeras en Venezuela. En 1850 llegaron al país buques de la escuadra de las Indias Occidentales británicas, acompañados por una fragata holandesa exigiendo que fueran reparados los daños ocasionados a sus compatriotas por culpa de la ley, bajo la amenaza de bloquear los puertos de La Guaira y Puerto Cabello si no se pagaban dichos agravios. Después de 6 meses de bloqueo convino el gobierno en firmar un convenio donde el Estado se comprometía a asumir la responsabilidad por las deudas.[7] La desestabilización económica, producto de la grave crisis agropecuaria que atravesaba el país se tradujo en desabastecimiento.[11]
La prolongada situación de escasez y especulación, así como la baja de precios de los productos exportables, sembraron en el territorio un clima de intranquilidad. El malestar social se comenzó a reflejar en la multiplicación de bandas contrabandistas. La incapacidad del gobierno para proteger adecuadamente provincias y derecho a la propiedad privada, así como la falta de confianza en la política vigente, aceleraron el paso de la desintegración social.[1] El gobernador de la provincia de BarinasNapoleón Sebastián Arteaga fue destituido por no aprobar el Tratado de Campo Monagas, fue acusado por conspiración y expatriado. Durante el gobierno de José Tadeo Monagas se restringió la libertad de imprenta, varios periódicos fueron cerrados[7] y la práctica del encarcelamiento como mecanismo de represión se estandarizó.[11]
A pesar de que los seguidores del gobierno se dividieron entre "gregorianos" y "tadeístas", tal división no se dio entre los hermanos.[13] Los gregorianos iniciaron en 1851 un proceso contra 2 de los secretarios de Estado de José Tadeo Monagas, acusándolos de corrupción en la adquisición de un buque de guerra, de lo cual fueron adsueltos posteriormente.[14] Entre 1853 y 1854 estalló la Rebelión de Barquisimeto que fue prontamente derrotada.[7] Julián Castro Contreras fue nombrado gobernador de Carabobo debido a sus acciones en contra dicha rebelión.[5] Una epidemia de cólera ocasiono cientos de muertes en 1854.[14]
Como acto memorable firmó el Ley de abolición de la esclavitud en 1854 liberando a 23.378 personas bajo la situación de esclavitud,[15] Este acto le quitó una bandera de lucha a la oposición.[5] Ese mismo año se creó el primer Código de Minas de Venezuela.[14] La deuda externa se incremento al igual que la corrupción durante este periodo,[13] el crédito público estaba muy decaído y los sueldos de los funcionarios se pagaban tarde.[14]
La epidemia de cólera provocó la instalación de juntas de beneficencia y comisiones de salubridad.[11] En 1855 se tendió la primera línea telegráfica de Venezuela. Ese mismo año intento sin éxito crear una confederación Gran Colombina[4] y ocurrió la Expulsión de los judíos de Coro.[16] Con el pretexto de crear un cuarto poder, el municipal, sanciona la Constitución de los Estados Unidos de Venezuela de 1857 que ampliar el periodo presidencial a seis años, permitir la reelección[1] y centraliza totalmente la organización del Estado.[17] El descontento y las conspiraciones contra el gobierno se incrementaron, hasta su hermano José Gregorio Monagas se alejo del gobierno.[7]