Durante las décadas de los 1950 y los 1960 el mar fue contaminado con mercurio por Chisso Corporation, una fábrica de productos químicos de Minamata. El mercurio es un elemento altamente tóxico capaz de almacenarse en los organismos, que afectó a los moluscos y peces, los cuales fueron digeridos por la población local, dando lugar a la que fue llamada Enfermedad de Minamata. Esta dolencia fue la causa de muchas muertes y volvió inválidos a muchas otras personas, todas en torno al Mar de Yatsushiro.