Juan Nepomuceno Fernández nació en 1798, en una familia tradicional del Virreinato del Río de la Plata;[2] era el único hijo del matrimonio entre Manuel Fernández y Josefa Chávez.[4]
En 1830, Fernández contrajo matrimonio con Josefa Coronel, con quien tuvo cinco hijos.[5]
Hacia 1867 compró seis leguas más de lo que fuera la Estancia Quequén Grande, alcanzando así un total de treinta y seis leguas (95.000 hectáreas); éstas estaban divididas en cuatro secciones: La Delia, El Pardo Marcelino, San Juan y Don Miguel, que actualmente abarcan el ejido urbano del pueblo de J. N. Fernández y de sus alrededores. Fernández impulsó el desarrollo de la ganadería en la región pampeana, importando toros reproductores desde Inglaterra.[2][6]
Juan Nepomuceno Fernández falleció en 1871; sus tierras y propiedades fueron heredadas por sus cinco hijos.[2]