Juan Guillermo III de Sajonia-Eisenach (Friedewald, 17 de octubre de 1666 - Eisenach, 14 de enero de 1729) fue un duque de Sajonia-Eisenach.
Era el tercer hijo del duque Juan Jorge I de Sajonia-Eisenach y de Juana de Sayn-Wittgenstein. Su hermano gemelo, Maximiliano, falleció con dos años de edad.
Sucedió a su hermano Juan Jorge II como duque de Sajonia-Eisenach cuando su hermano murió en 1698.
Juana Antonieta Juliana (n. Jena, 31 de enero de 1698 - m. Schloss Dahme, 13 de abril de 1726), desposó el 9 de mayo de 1721 al Duque Juan Adolfo II de Sajonia-Weissenfels.
Carolina Cristina (n. Jena, 15 de abril de 1699 - m. Philippsthal, 25 de julio de 1743), desposó el 24 de noviembre de 1725 al Landgrave Carlos I de Hesse-Philippsthal.
Antonio Gustavo (n. Eisenach, 12 de agosto de 1700 - m. Eisenach, 4 de octubre de 1710).
Carlota Guillermina Juliana (n. Eisenach, 27 de junio de 1703 - m. Érfurt, 17 de agosto de 1774).
Juana Guillermina Juliana (n. Eisenach, 10 de septiembre de 1704 - m. Eisenach, 3 de enero de 1705).
Carlos Guillermo (n. Eisenach, 9 de enero de 1706 - m. Eisenach, 24 de febrero de 1706).
Carlos Augusto (n. Eisenach, 10 de junio de 1707 - m. Eisenach, 22 de febrero de 1711).
Juana Magdalena Sofía (n. Eisenach, 19 de agosto de 1710 - m. Eisenach, 26 de febrero de 1711).
Cristiana Guillermina (n. Altenkirchen, 3 de septiembre de 1711 - m. Idstein, 27 de noviembre de 1740), desposó el 26 de noviembre de 1734 al Príncipe Carlos de Nassau-Usingen.
Juan Guillermo (n. Marksuhl, 28 de enero de 1713 - m. Eisenach, 8 de mayo de 1713).