Moguel fue una figura relevante de la intelectualidad vasca del siglo XIX. Realizó diversos estudios sobre el origen de la lengua vasca y su relación con otras lenguas prerrománicas y románicas. Realizó diversas obras en euskera y en castellano. Entre ellas destaca Peru Abarca que se puede considerar la primera novela escrita en euskera. Está considerado, junto con Pedro Antonio Añibarro, como el padre de la literatura en dialecto vizcaíno.
"Historia y geografía de España ilustrada por el idioma Vascuence" (1800)
"Cartas y disertaciones de D. Juan Antonio Moguel sobre la lengua vascongada" publicadas en Alemania en 1847 y en Madrid
En estos dos estudios realizados en castellano sobre la historia y el euskera se expuso la tesis del vascoiberismo, donde se emparentaba el euskera con las lenguas ibéricas prerromanas y de otros lugares de Europa. Justificaba su discurso con el estudio de la etimología del euskera y la toponimia peninsular.
"Nomenclatura de voces guipuzcoanas, sus correspondientes vizcaínas y castellanas, para que el puedan entender ambos dialectos": Esta obra la escribió defendiendo y aclarando el uso del euskera y las relaciones entre distintos dialectos, así como con el castellano y el latín.
"Demostración práctica de la pureza, fecundidad y elocuencia del idioma Bascuence contra las preocupaciones de varios escritores extraños y contra algunos Bascongados, que sólo tienen noticia superficial del idioma patrio"(1802): contiene traducciones al euskera guipuzcoano de discursos de autores latinos reconocidos.
Religión
Escribió y tradujo diferentes obras religiosas, la primera en el dialecto guipuzcoano y las otras dos en vizcaíno:
"Konfesio eta Komunioko Sakramentuen gañean erakasteak" (1800)
"Pascalen gogamenak" (1899): Escrito en dialecto vizcaíno, Resurrección María de Azkue publicó este trabajo de traducción en la revista Euskaltzale. Se recogen las reflexiones filosóficas de Pascal, escritor francés del siglo XVII.