Faye fue miembro fundador de la revista literaria de avant-garde Tel Quel y, más tarde, de Change, junto con Maurice Roche y Jacques Roubaud. Recibió el Premio Renaudot por su novela de 1964, L'Écluse (Éditions Seuil). Contribuye regularmente con la revista literaria Chimère de Gilles Deleuze.
Jean-Pierre Faye es autor de numerosos ensayos, incluyendo Théorie du récit y Langages Totalitaires, constituyen estudios influyentes sobre el uso y abuso del lenguaje por los estados totalitarios. Su obra se reparte entre las narraciones (Entre les rues, La Cassure, Battement, Analogues, Les Troyens) y poesías en prosa (Fleuve renversé, Couleurs pliées, Verres, Syeeda).