El Comité de Dirección Ejecutiva (CDE), integrado los ministros de infraestructura o planificación. Define los lineamientos estratégicos y aprueba los planes de acción
Los Grupos de Coordinación Técnicos (GCT), integrado por funcionarios gubernamentales y técnicos. Están encargados de llevar a cabo las decisiones multinacionales, Hay un GCT por cada Eje de Integración y Desarrollo (EID) y Proceso Sectorial de Integración (PSI)
El Comité de Coordinación Técnica (CCT) integrado por el BID, CAF y FONPLATA. Otorgan apoyo técnico y financiero al IIRSA. Coordina las actividades y además cumple la función de memoria institucional del IIRSA. ES la secretaria del CDE.
Las Coordinaciones Nacionales del IIRSA estructuradas en cada país. Es la encargada de articular la participación de los diversos ministerios y organismos gubernamentales en el IIRSA. Así como la participación de instancia subregionales, el sector privados y otros de la sociedad civil.
Ejes de Integración y Desarrollo
Los Ejes de Integración y Desarrollo son:
Eje Andino
Eje Andino del Sur
Eje de Capricornio
Eje del Amazonas
Eje del Escudo Guayanés
Eje del Sur
Eje Hidrovía Paraguay-Paraná
Eje Interoceánico Central
Eje MERCOSUR-Chile
Eje Perú-Brasil-Bolivia
Procesos Sectoriales de Integración
Los Procesos Sectoriales de Integración (PSI) son:
