Prunea jugó 40 partidos internacionales, para la selección nacional rumana. Participó en 2 Copas del Mundo FIFA, que fueron en la edición de Estados Unidos 1994, donde la selección rumana, fue eliminada de ese mundial en Cuartos de final, a manos de su similar de Suecia, mediante lanzamientos penales y Después en Francia 1998, donde la selección rumana, fue eliminada de ese mundial en Octavos de final, a manos de su similar de Croacia. Eso sí, Prunea solo jugó 3 de los 5 partidos, que su selección disputó en el Mundial de Estados Unidos 1994 y fue suplente en los 4 partidos, que su selección disputó en el Mundial de Francia 1998. También participó en 2 ediciones de la Eurocopa, que fueron en la edición de Inglaterra 1996, donde su selección quedó eliminado en la primera fase, siendo último de su grupo y en la edición de Holanda-Bélgica 2000, donde su selección quedó eliminada en cuartos de final, a manos de su similar de Italia, equipo que posteriormente fue el subcampeón de ese torneo.
