En los animales vertebrados la embriogénesis se divide en cuatro grandes fases secuenciales:
Segmentación: el cigoto se divide por mitosis sucesivas hasta alcanzar el estado de blastocisto.
Gastrulación: creación de una invaginación en el blastocele que más tarde dará lugar al ano. En este estado el embrión se diferencia en tres capas germinales: ectodermo, mesodermo y endodermo.
La embriogénesis en plantas es el conjunto de procesos fisiológicos que conducen a la transformación de una sola célula, el cigoto, en un individuo multicelular más complejo, contenido en la semilla madura.