EMBOSS

PEPWHEEL, una herramienta de EMBOSS, analizando la estructura proteica de una hélice alfa proteica.

EMBOSS es una suite bioinformática de tipo open source creada por EMBnet que es empleada fundamentalmente en biología molecular y genética. EMBOSS es un acrónimo procedente del inglés «European Molecular Biology Open Software Suite».[1]​ Se trata de un software versátil que recibe datos en multitud de formatos y que los analiza de múltiples maneras. Contiene multitud de herramientas centradas en el análisis de ácidos nucleicos y proteínas. Si bien se ejecuta en la línea de comandos, existen GUIs que facilitan su manipulación bajo un entorno gráfico.

Aplicaciones de EMBOSS

Grupo Descripción
Acd Utilidades para archivos Acd
Alignment consensus Obtiene secuencias consenso
Alignment differences Encuentra diferencias entre secuencias
Alignment dot plots Comparaciones de secuencias tipo dot blot
Alignment global Alineamiento de secuencias global
Alignment local Alineamiento de secuencias local
Alignment multiple Alineamiento de secuencias múltiple
Display Muestra secuencias
Edit Edita secuencias
Enzyme kinetics Calcula parámetros de cinética enzimática
Feature tables Herramientas de anotación
HMM Análisis de modelo oculto de Márkov
Information Ayuda general e información
Menus Interfaz de menús
Nucleic 2d structure Estructura secundaria de ácidos nucleicos
Nucleic codon usage Uso de codones
Nucleic composition Composición de nucleótidos de un ácido nucleico
Nucleic CpG islands Detección de islas Cpg
Nucleic gene finding Predicción de genes
Nucleic motifs Búsqueda de motivos en ácidos nucleicos
Nucleic mutation Mutación de ácidos nucleicos
Nucleic primers Predicción de cebadores
Nucleic profiles Generación de perfiles de ácidos nucleicos
Nucleic repeats Detección de repeticiones en ácidos nucleicos
Nucleic restriction Análisis de restricción
Nucleic RNA folding Análisis del plegamiento de ARN
Nucleic transcription Predicción de promotores, terminadores y factor de transcripción
Nucleic translation Traducción de secuencias
Phylogeny consensus Métodos de filogenia por consenso
Phylogeny continuous characters Métodos de filogenia por carácter continuo
Phylogeny discrete characters Métodos de filogenia por carácter discreto
Phylogeny distance matrix Métodos de filogenia por distancia
Phylogeny gene frequencies Métodos de filogenia por frecuencia génica
Phylogeny molecular sequence Análisis de secuencias y filogenia
Phylogeny tree drawing Dibujo de árboles filogenéticos
Protein 2d structure Estructura secundaria de las proteínas
Protein 3d structure Estructura terciaria de las proteínas
Protein composition Composición de secuencias proteicas
Protein motifs Búsqueda de motivos proteicos
Protein mutation Mutación de proteínas
Protein profiles Búsqueda en perfiles de proteínas
Test Herramientas de prueba, no para uso general
Utils database creation Instalación de bases de datos
Utils database indexing Indexado de bases de datos
Utils misc Utilidades varias

Véase también

Referencias

  1. ↑ Rice P, Longden I, Bleasby A (2000). «EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite». Trends in Genetics 16 (6): 276-277. 

Enlaces externos