De acquaeductibus auris humanae internae anatomica dissertatio, ex typ. Simoniana, Nápoles 1761 (después Viena 1774, Bolonia 1775 y ss.). Sigue los trabajos de Guichard Joseph Duverney y Antonio Maria Valsalva.
De ischiade nervosa commentarius, apud fratres Simonios, Neapoli 1764 (nueva ed. Carpi 1768 y ss.).
De sedibus variolarum syntagma, apud fratres Simonios 1769 (Después Bononiae 1775 y ss.).
A treatise on the nervous sciatica, or nervous hip gout, ed. en inglés, Londres 1775
De animorum ad optimam disciplinam praeparatione oratio, ex typ. simoniiana, Nápoles 1778.
Dello spirito della medicina, Tip. Morelli, Nápoles 1783.
Epónimos asociados
Síndrome de Cotugno: Un síndrome caracterizado por una neuralgia unilateral distribuida a lo largo del nervio ciático.
Acueducto de Cotunnius: El acueducto del interior del oído.
Columna de Cotunnius: Las columnas en la lámina espiral ósea de la cochlea.