Nacido en Montevideo, Rodríguez ha jugado la mayor parte de su carrera en Peñarol y Schalke 04. También ha jugado en Sud América, Bella Vista y Toluca. Dejó el Schalke 04 en enero de 2008 y regresó al Peñarol.
Debutó en la primera de Sud América en 1992 donde permaneció tres años, consiguiendo el campeonato de segunda división y por ende el ascenso a primera. Al año siguiente emigró al fútbol mexicano, jugando dos años en el Toluca, para volver al fútbol uruguayo, coronándose campeón nuevamente de segunda división esta vez con Bella Vista y consiguiendo una Liguilla Pre-Libertadores al año siguiente.
Fue luego fichado por Peñarol en 1999 y fue partícipe de la obtención del Campeonato Uruguayo, anotando el gol del empate en la tercera y decisiva final del campeonato frente a Nacional en lo que a la postre sería victoria de Peñarol por 2-1. Permaneció en el club mirasol hasta 2002 cuando fue transferido al Schalke 04 de Alemania, donde jugó durante 6 años, conquistando dos Copas Intertoto y una Copa de la Liga de Alemania.
Defensa polivalente, podía jugar como lateral izquierdo o como central zurdo. Fuerte en el juego aéreo, era una distracción útil en el área rival en las jugadas a balón parado.[2]
Selección nacional
Ha sido convocado para la selección uruguaya de fútbol, en la cual ha jugado 51 partidos y ha anotado 4 goles. Uno de ellos, frente a Dinamarca en la Copa Mundial de Fútbol de 2002,[3] fue reconocido por el diario británico The Times como el 4.º mejor gol en la historia de los Mundiales.[4]
Otro de los goles importantes que marcó, fue en la victoria 1 a 0 de Uruguay ante Australia, en el partido de ida del repechaje para el Mundial de Japón 2002. En ocasiones llevó el brazalete de capitán.[5] También jugó en las Copas América de 2004[6] y 2007.[7]