La Copa de la AFC del 2009 fue la 6.ª edición del segundo torneo de fútbol más importante a nivel de clubes de Asia organizado por la AFC. En esta edición se reinventó con el formato de la Liga de Campeones de la AFC, con lo que los clasificados eran de diferentes asociaciones miembros de la AFC.
El perdedor de la Ronda de Play-Off de la Liga de Campeones de la AFC pasaron a la fase de grupos de la AFC
Líbano era elegible para la Liga de Campeones de la AFC por tener al subcampeón vigente de la Copa pero no tenía las licencias requeridas por lo que su cupo extra pasó a la Copa AFC
Baréin era elegible para la Liga de Campeones de la AFC por tener al campeón vigente de la Copa pero no tenía las licencias requeridas por lo que su cupo pasó a la Copa AFC
Afganistán y Palestina eran elegibles para la Copa Presidente de la AFC pero desistieron su participación
Los dos perdedores de la Ronda de Play-Off y Ronda Previa de la Liga de Campeones de la AFC pasaron a la fase de grupos de la AFC
Vietnam era elegible para la Liga de Campeones de la AFC pero no tenía las licencias requeridas por lo que su cupo pasó a la Copa AFC
Brunéi Darussalam, Filipinas, Guam, Laos, Macao, Mongolia RPD Corea y Timor Oriental eran elegibles para la Copa Presidente de la AFC pero desistieron su participación
Maldivas geográficamente pertenece a la Zona Oeste