Ante la situación ocurrida en la Copa Libertadores anterior por la pandemia de gripe A (H1N1), que provocó el retiro de equipos mexicanos de la competición, Conmebol decidió compensar a los clubes San Luis y Guadalajara con los lugares que habían perdido en la edición de 2009, ubicándolos directamente en la instancia de octavos de final con sus posiciones correspondientes. Esto provocó no solo que la cantidad de clubes mexicanos participantes de la competición ascendiera a 5, sino que también se modificara ligeramente el formato de clasificación a las fases finales.[2][3]
El sistema inicial de competición se mantuvo. Un total de 12 equipos —los 2 últimos clasificados del país del campeón vigente, y el último clasificado de cada uno de los restantes países— disputaron la primera fase, en la cual se establecieron seis llaves. Cada una tuvo a su respectivo ganador, que accedió a la segunda fase, a la que ya se encontraban clasificados los restantes 26 equipos, constituyéndose así ocho grupos de 4 equipos. El primer equipo de cada zona y los 6 mejores segundos pasaron a las fases finales, donde se incorporaron San Luis y Guadalajara. Con los 16 equipos establecidos, se formaron las ocho llaves de octavos de final y el torneo continuó bajo el habitual formato de eliminación directa, que pasó posteriormente por los cuartos de final, las semifinales y la final, en la que se declaró al campeón.
Equipos que entran en esta fase
Equipos que provienen de la fase anterior
Primera fase
(12 equipos)
1 equipo de Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Colombia, Ecuador, México, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela
1 equipo extra del país del campeón vigente
Segunda fase
(32 equipos)
4 equipos de Argentina y Brasil
2 equipos de Bolivia, Chile, Colombia, Ecuador, México, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela
Campeón de la Copa de Brasil 2009 Campeón del Campeonato Brasileño de 2009 Subcampeón del Campeonato Brasileño de 2009 3.º puesto del Campeonato Brasileño de 2009 4.º puesto del Campeonato Brasileño de 2009
Los equipos que finalizaron la segunda fase en el segundo puesto de cada grupo fueron ordenados en una tabla especial de acuerdo a sus respectivos desempeños, determinados según los criterios de clasificación, a fin de definir los clasificados a la siguiente instancia. Los 6 mejores accedieron a las fases finales, mientras que los 2 restantes quedaron eliminados de la competición.
A partir de aquí, los dieciséis equipos clasificados disputaron una serie de eliminatorias a ida y vuelta, hasta consagrar al campeón.
Las fases finales estuvieron compuestas por cuatro etapas: octavos, cuartos, semifinales y final. A los fines de establecer las llaves de la primera etapa, los dieciséis equipos fueron ordenados en dos tablas, una con los clasificados como primeros (numerados del 1 al 8 de acuerdo con su desempeño en la segunda fase, determinada según los criterios de clasificación), y otra con aquellos clasificados como segundos (numerados del 9 al 16, con el mismo criterio), enfrentándose en octavos de final el 1 con el 16, el 2 con el 15, el 3 con el 14, y así sucesivamente. Durante todo el desarrollo de las fases finales, el equipo que ostentara menor número de orden que su rival de turno ejerció la localía en el partido de vuelta. En caso de que dos equipos de un mismo país alcanzaran la ronda de semifinales, se debía alterar, de ser necesario, el orden de las llaves para que ambos se enfrentaran en la mencionada instancia, a fin de evitar que puedan cruzarse en la final.
Debido a los inconvenientes acontecidos durante los octavos de final de la edición anterior por la pandemia de gripe A (H1N1), que determinó la eliminación de los clubes mexicanos Guadalajara y San Luis, se dispuso que ambos cuadros fueran compensados con la clasificación automática a las fases finales del presente torneo, manteniendo las mismas numeraciones que habían alcanzado el año anterior. Así, Guadalajara ocupó el lugar del equipo número 13, y San Luis el del 14.[5]
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