De las 54 asociaciones afiliadas a la CAF, 48 participarán en el proceso clasificatorio. La selección de Kenia no participó en el torneo clasificatorio al estar automáticamente clasificada por ser el país anfitrión pero luego de ser retirada como sede fue descalificada del torneo.
El 24 de mayo de 2016, Chad anunció que no van a ser capaces de participar en las clasificatorias para el torneo, siendo la única selección que declina de participar estando previamente inscripta.
Las 48 selecciones fueron divididas según la zona geográfica a la que pertenezcan.
KENKenia (Inicialmente elegida como sede. Luego se le retiró la sede y se la descalificó por atraso en la organización del torneo.)
Sorteo
Los equipos fueron divididos en dos bombos de cabezas de serie y no cabezas de serie. Los emparejamientos quedaron conformados con un equipo de cada bombo. En aquellas zonas en las que se jugaron en dos rondas de eliminación (ronda preliminar y primera ronda) los emparejamientos de la primera ronda fueron definidos con anticipación de acuerdo al calendario del torneo presentado por la CAF.[1]
El sorteo se llevó a cabo el 3 de febrero de 2017 en Libreville, Gabón.
Situación de los países respecto a la clasificación. Clasificado. Puede clasificar Eliminado. Descalificado, retirado o no participó. No pertenece a la CAF.
↑Yibuti se retiró antes del partido de vuelta frente a Etiopía después del resultado por 5:1 en el partido de ida. Etiopía pasa a la siguiente ronda.
↑Después de levantada la suspensión dada a la Federación Sudanesa de Fútbol y su suspensión de todos los torneos tanto FIFA como de la CAF, Sudán participará en las clasificatorias para la CHAN 2018 cambiando las fechas de ambos partidos, previamente programados, una semana después para permitir a la selección de Sudán trasladarse a Burundi para poder disputar los partidos correspondientes.
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