En enero de 2004 se anunció la intención de Ferrero-Waldner de competir por el puesto de Presidente de Austria, sustituyendo a Thomas Klestil, teniendo como único oponente a Heinz Fischer. Su candidatura fue apoyada por el ÖVP, pero el socialdemócrata Fischer ganaría las elecciones el 25 de abril de 2004, recibiendo el 52,4% de los votos frente al 47,6%. Tras la derrota electoral, es nombrada en julio de 2004 Comisaria Europea por Austria en la Comisión Barroso, sustituyendo a Franz Fischler. En un primer momento, ocupa la cartera de Relaciones Exteriores y Política Europea de Vecindad, pero con la creación del Alto Representante de la Unión Europea para Asuntos Exteriores y Política de Seguridad pasa a ser Comisaria de Comercio, Política Europea de Vecindad y Oficina de Cooperación Europaid hasta 2010.
Desde julio de 2014 hasta mayo de 2019 fue Socia del Despacho Cremades & Calvo-Sotelo Abogados.
Ewald König: Benita. Where there is a will, there is a way. Experiences of the European and Cosmopolitan Benita Ferrero-Waldner'', Böhlau Verlag Wien/Köln/Weimar 2017, ISBN 978-3-205-206200