In obitum sereniss.mæ reginæ Polonorum ode. Florence: ex officina Petri Nestij sub signo Solis. 1631.
Contradizzione morale intorno al sospetto. Discorso di Paganino Gaudenzio, indrizzato al molt'illustre, e molt'eccellente sig.re il sig. Gio. Stefano Litta. Dottor di collegio, e gentilhuomo milanese. Pisa: nella stamperia di Francesco Tanagli. 1634.
De Justinianaei saeculi moribus nonnullis. Florence. 1637.
De Pythagorea animarum transmigratione. Pisa. 1641.
Della Disunita Accademia accrescimento, operetta di Paganino Gaudentio, nella quale l'autore insieme difende alcuni istorici contra l'accuse d'Agostino Mascardi. Pisa: nella stamperia d'Amor Massi, e Lorenzo Landi. 1644.
La Galleria dell'inclito Marino considerata vien dal Paganino con alcune composizioni dell'istesso Paganino. Pisa: per Ferdinando Chelli, e Francesco Stefanelli. 1648.
Vieli, Franceso Dante (1936). "Un poeta laureato del Seicento: Paganino Gaudenzi di Poschiavo". Scrittori della Svizzera Italiana. I. Bellinzona: 537–541.