Die Wytegra fließt in nördlicher Richtung durch den gleichnamigen Distrikt Wytegra und an der gleichnamigen Rajon-Hauptstadt Wytegra vorbei zum Südufer des Onegasees. Der 64 km lange Fluss wurde zu einem Schifffahrtskanal ausgebaut und bildet einen Teil des Wolga-Ostsee-Kanals. Das Einzugsgebiet umfasst 1670 km².