Nach einer handwerklichen Ausbildung als Schlosser und Dreher folgte von 1929 bis 1933 ein Studium am Bauhaus Dessau. 1933–1934 schloss sich eine Mitarbeit im Büro von Walter Gropius an, anschließend eine freiberufliche Tätigkeit. Er war Mitglied des Deutschen Werkbundes.
1938 übernahm Ebert das Büro von Ludwig Hilberseimer, der in die USA emigriert war.
Von 1941 bis 1945 war Wils Ebert bei der Mineralöl-Baugesellschaft mbH in Berlin dienstverpflichtet.
Von 1945 bis 1949 war er Leiter des Hauptamts für Planung beim Magistrat von Berlin und Assistent an der Technischen Hochschule Berlin bei Hans Scharoun, der Ebert auch in späteren Jahren förderte.
