Begemann war Mitglied der Vereinte-Loge Rostock und damit der Großen Landesloge der Freimaurer von Deutschland. Mit ihm, Ludwig Keller, und August Wolfstieg begann in Deutschland die wissenschaftliche Durchleuchtung der freimaurerischen Geschichte. Mit seinem umfassenden Wissensschatz ergründete Begemann die Vorgeschichte der Freimaurerei. Seine sprachkritischen Untersuchungen, besonders der englischen Akten, brachten viele neue Erkenntnisse.
„Er übertrug in glücklichster Weise die Arbeitsmethoden der englischen Quatuor Coronati Lodge auf die deutsche freimaurerische Geschichtsforschung. Die Lesbarkeit seiner Arbeiten leidet bedauerlicherweise an dem schwerflüssigen Stil des Philologen. […] Eine starke Persönlichkeit, die sich ihres Wertes bewußt war, geriet er wiederholt in heftige wissenschaftliche Polemiken, so insbesondere mit Keller, dessen reicher Phantasie er die kritische Nüchternheit gegenüberstellte.“
Bücher aus Begemanns Privatbibliothek gelangten nach seinem Tod in die Bibliothek der Großen Landesloge der Freimaurer von Deutschland, diese Bücher wurden mit dem Stempel „Vermächtnis des Br. Wilh. Begemann“ versehen.[4]
Das schwache Präteritum der germanischen Sprachen: ein Beitrag zur Geschichte der deutschen Sprache. Weidmann, Berlin 1873.
Zur Bedeutung des schwachen Präteritums der germanischen Sprachen. Weidmann, Berlin 1874.
Comenius und die Freimaurer, Berlin: Mittler 1906.
Die Tempelherren und die Freimaurer: Entgegnung auf die gleichnamige Schrift des Geh. Archivrats Dr. Ludw. Keller. Berlin 1906.
Die Haager Loge von 1637 und der Kölner Brief von 1535: Entgegnung auf Ludwig Kellers Ausführungen im Hohenzollern-Jahrbuch für 1906. Mittler, Berlin 1907.
Vorgeschichte der Freimaurerei in England. 3 Bände. 1909–1911.
Band 1: Die alten englischen Werklogen und ihre Sprößlinge. Mittler, Berlin 1909.
Band 2: Gründung und Weiterentwicklung der Londoner Großloge, die Ancient Masons und der Vereinigung der beiden Großlogen, Berlin: Mittler 1910.
Band 3: Vorgeschichte und Anfänge der Freimaurerei in Irland. Mittler, Berlin 1911.
Die fruchtbringende Gesellschaft und Johann Valentin Andreä: Entgegnung auf Ludwig Kellers Ausführungen im Maiheft der Comenius-Gesellschaft. Mittler, Berlin 1911.
Der Orden der Unzertrennlichen des achtzehnten und die Fruchtbringende Gesellschaft des 17. Jahrhunderts. Mittler, Berlin 1911.
Der alte und angenommene Schottische Ritus und Friedrich der Große, Berlin: Mittler 1913.
Vorgeschichte und Anfänge der Freimaurerei in Schottland. Band 1: Die alten schottischen Werklogen. Mittler, Berlin 1914.
Literatur
Hans-Erich de Wyl (Hrsg.): Blaubuch des Corps Teutonia Marburg 1825 bis 2000 (Nr. 442). Marburg an der Lahn 2000.
Eugen Lennhoff, Oskar Posner: Internationales Freimaurer-Lexikon. 1932.
↑Dissertation: De suffixis Latinis "t-or", "i-or", "or".
↑Eugen Lennhoff, Oskar Posner, Dieter A. Binder: Internationales Freimaurerlexikon. Überarbeitete und erweiterte Neuauflage der Ausgabe von 1932. München 2003, ISBN 3-7766-2161-3, S. 114.