Der WhakapapaRiver bildet sich durch den Zusammenfluss des WhakapapanuiStream und des WhakapapaitiStream rund 13 km westlich des MountNgauruhoe. Von dort fließt er bevorzugt in nordnordwestliche Richtung, bis er rund 10 km südlich von Owhango eine nördliche Flussrichtung bis zu seiner Mündung in den WhanganuiRiver. Bis zur Kleinstadt Owhango hat sich der Fluss in ein bis zu 100 m tiefes und teilweise enges Tal eingearbeitet. Danach weitet sich das Tal an einigen Stellen. Rund 3 km vor seiner Mündung spaltet sich der Fluss in mehrere Mündungsarme auf, sodass dann eine rund 6,7 km² große Insel im Mündungsgebiet entsteht, die WhakapapaIsland genannt wird.[2][1]
Westlich des Flusses begleitet der New Zealand State Highway 4 in seiner nördlichen Ausrichtung den Fluss in Abständen zwischen 350 m und gut 2 km.[2][1]
Stromerzeugung
Rund 3 km Flussabwärts von seiner Entstehung wird dem Fluss über den Whakapapa TawhitikuriTunnel Wasser für die Stromerzeugung entnommen. Das Wasser wird zunächst dem 18 km nordöstlich befindlichen LakeOtamangakau zugeführt und über einem Kanal dann schließlich den rund 5,5 km südöstlich liegenden LakeRotoaira gespeist. An dessen südöstlichen Ende erfolgt dann über einen weiteren Kanal die Stromerzeugung.[2]