Dubois komponierte fünf Opern, ein Ballett und zwei Oratorien (Die sieben Worte Christi und Das verlorene Paradies), Orchestersuiten, ein Klavierkonzert, sinfonische Dichtungen, Streichquartette, Messen, Motetten, Klavier- bzw. Orgelstücke und Lieder.
Sein Sohn war der Archäologe Charles Dubois (1877–1965).
Werke
La prova di un’ opera seria, 1863
Les Sept Paroles du Christ für Soli, Chor und Orchester, 1868
La Guzla de l’émir, (ParisTL 1873)
Le Pain bis, (ParisOC 1879)
La Farandole, Ballett, 1883
Abenhamet, (ParisTI 1884)
Frithjof, (1892)
Xavière, (ParisOC 1895)
Circé, 1896
La Fiancée d’Abydos
Le Florentin
Douze Pièces pour orgue (12 Stücke für Orgel), 1889
12 Pièces Nouvelles pour orgue (12 neue Stücke für Orgel), 1893
7 Petites Pièces pour orgue (7 Stücke für Orgel), 1900
2 petites pièces pour orgue (2 kleine Stücke für Orgel), 1910