Der Regierungsbezirk umgreift die Bucht von Bintuni. Die zwei Teile des Regierungsbezirks auf der Vogelkop- und der Bomberai-Halbinsel berühren sich nur an einer schmalen Stelle im Osten. Nur der Westen der Landbrücke zwischen den Halbinseln gehört zu Teluk Bintuni. Östlich liegt der Regierungsbezirk Teluk Wondama. Im Süden reicht Teluk Bintuni bis an die Kamraubucht und teilt so den Regierungsbezirk Kaimana. Südwestlich komplettiert der Regierungsbezirk Fakfak die Bomberai-Halbinsel. Auf Vogelkop grenzt Teluk Bintuni im Westen an Südsorong(Sorong Selatan) und im Norden an Manokwari.
Zu Teluk Bintuni gehören in der gleichnamigen Bucht unter anderem die Inseln Amutu Besar und Asap.
Der Regierungsbezirk Teluk Bintuni unterteilt sich in 24 Distrikte (indonesischDistrik), die sich wiederum in 115 Kampungs und 2 Kelurahan untergliedern.
