Johannes Paul II. nahm 31. August 1998 seinen vorzeitigen Rücktritt an. Später war er Delegierter des Erzbistums Krakau für Wissenschaft und Kultur.[2] Pieronek galt als Vertreter der liberalen Minderheit der katholischen Kirche in Polen und Unterstützer von Papst Franziskus. Im Januar 2016 kritisierte er die Regierung um Beata Szydło und Jarosław Kaczyński wegen ihres Angriffs auf rechtsstaatliche Institutionen wie das Verfassungsgericht, die er als „Negation der Regeln der Rechtsstaatlichkeit“ bezeichnete.[3] Ebenso sprach er sich gegen die Linie der Regierung und der Mehrheit der polnischen Bevölkerung für die Aufnahme von Flüchtlingen in Polen aus, verurteilte aber auch den seiner Meinung nach zu großen Einfluss des Islam in Westeuropa.[4] Am 14. November 2017 hielt er die Trauerrede beim Begräbnis von Piotr Szczęsny, der sich im Protest gegen die Regierung das Leben nahm.