Erste berufliche Erfahrungen sammelte er nach dem Abitur bis 1993 als fester freier Mitarbeiter bei der Neuen Osnabrücker Zeitung seiner Heimatregion. Von 1991 bis 1995 besuchte er die Deutsche Journalistenschule in München als Mitglied der 30. Lehrredaktion. 1996 und 1997 arbeitete er als Redakteur für elektronische Medien bei Werben & Verkaufen, einem Fachmagazin für die Kommunikationsbranche. Für die Süddeutsche Zeitung schrieb er von 1997 bis 1999 als sogenannter fester Freier regelmäßig Berichte für die Medienseite und war gleichzeitig Hamburg-Korrespondent von kressreport, der Zeitschrift des Medien-Fachverlages kress verlag GmbH. Von 2001 bis Anfang 2006 war er verantwortlicher Medienredakteur der Frankfurter Allgemeinen Sonntagszeitung.
Im Juni 2004 gründete er zusammen mit dem Medienjournalisten Christoph Schultheis das mehrfach mit Journalistenpreisen ausgezeichnete WatchblogBildblog, das vornehmlich die Arbeit von Bild aus dem Verlag Axel Springer SE, seit April 2009 aber auch sonstiger Magazine und Zeitungen kritisch kommentiert. Im Januar 2010 gab er den Betrieb des Bildblogs an Lukas Heinser ab und fungierte anfangs als dessen Herausgeber.[6] Von Oktober 2011[7] bis Ende Mai 2013 war Niggemeier Autor des Nachrichtenmagazins Der Spiegel.[8] Von 2014[9] bis Juni 2015 war er Autor beim Online-Magazin Krautreporter.[10]
Auf seiner Website stefan-niggemeier.de betrieb Niggemeier bis 2018 ein größtenteils, aber nicht ausschließlich medienjournalistisches Blog.[11] Ausfällige Kommentare in Niggemeiers Blog, die von Konstantin Neven DuMont stammen sollen, und ein daraufhin verfasster kritischer Beitrag Niggemeiers[12] waren im Spätherbst 2010 maßgeblicher Auslöser einer Affäre, die zum Ausscheiden Neven DuMonts aus dem Verlag seiner Familie führte.[13]
Seit 2017 bespricht er zusammen mit Sarah Kuttner im PodcastDas kleine Fernsehballett Fernsehformate. Die Ausstrahlung erfolgte bis Juni 2022 über den StreamingdienstDeezer;[18] nach einer Pause erscheinen seit Februar 2023 neue Folgen auf Podigee.[19]
2024, etwa ein halbes Jahr nach der Veröffentlichung der Recherche von Correctiv zum Treffen der rechtsextremen in Potsdam forderte Niggemeier, dass kritischer berichtet werden solle.[20] Er setzt sich dafür ein, das rechtsextreme Konzept der Remigration des Neonazis Martin Sellner nicht als Ausweisung oder Vertreibung zu beschreiben. Weiterhin müsse man „Belege dafür aufbieten, dass Sellner, entgegen seiner eigenen Aussage, die Ausweisung deutscher Staatsbürger nach rassistischen Kriterien umsetzen möchte.“[21] Der Autor Jan Karon der Plattform NIUS schrieb dazu „All das, was jetzt bei »Übermedien« zu lesen ist, wurde anfangs von »NIUS«, »Junge Freiheit«, dem »Cicero« und »Tichys Einblick« zusammenrecherchiert.“[22] Es sei zugleich auffällig wie die Kritik von Niggemeier aktuelle Forschung zu Rechtsextremismus ignoriere, schreibt ein Kollege auf seinem eigenen Blog.[23]
↑Stefan Niggemeier: (S+) Recherchen über Rechtsextreme: Seriösem Journalismus muss die Wirkung seiner Arbeit egal sein. In: Der Spiegel. 1. August 2024, ISSN2195-1349 (spiegel.de [abgerufen am 9. August 2024]).