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Nach dem Tod ihres Mannes 1533, als sich der dänische Reichsrat noch nicht geeinigt hatte, ob er Christian, Friedrichs Sohn aus erster Ehe, oder Sophias erst zwölfjährigen ältesten Sohn Johann als Nachfolger wählen wollte, zog sie mit ihren Kindern nach Schloss Gottorf. Dort verbrachte sie auch die Zeit der Grafenfehde, während der ihre Besitztümer besetzt waren. Ihre Hofdame Anne Meinstrup (1475–1535) wurde 1535 von Anhängern von Christoph von Oldenburg ermordet.
1538 beanspruchte ihr Stiefsohn, der König, Schloss Gottorf für sich und forderte sie auf, sich auf ihr Wittum zurückzuziehen. Den Rest ihres Lebens verbrachte sie im Kieler Schloss. Ihre Ländereien sah sie als ihren Privatbesitz an und stritt mit ihrem Stiefsohn und auch mit dessen Sohn und Nachfolger Friedrich II. über das Recht, die Einnahmen zu verwalten und Amtmänner einzusetzen.