Henkel entwickelte Methoden zur Gewinnung kleiner Wirbeltierfossilien aus großen Sedimentmengen. Er leitete mit Bernard Krebs die Ausgrabungen in der reichhaltigen jurassischen Fossilienlagerstätte Guimarota in Portugal. Krebs benannte 1991 Henkelotherium, eine Gattung jurassischer Säugetiere, deren erstes Fossil Henkel 1976 entdeckt hatte, nach ihm.
Seine letzte Ruhestätte erhielt Siegfried Henkel auf dem Friedhof Lichterfelde (Grablage VIIB-WR-18).
Bernard Krebs, Bernd Uchdorf (Hrsg.): Beiträge zur Paläontologie. Zum Gedenken an Siegfried Henkel (= Berliner geowissenschaftliche Abhandlungen. Reihe A: Geologie und Paläontologie. 60). Reimer, Berlin 1985, ISBN 3-496-00246-8, S. 1–4.