Der Scottish FA Cup wurde 1878/79 zum 6. Mal ausgespielt. Der wichtigste Fußball-Pokalwettbewerb im schottischen Vereinsfußball wurde vom Schottischen Fußballverband geleitet und ausgetragen. Er begann am 21. September 1878 und endete mit dem Wiederholungsfinale am 26. April 1879 im Hampden Park von Glasgow. Als Titelverteidiger startete der FC Vale of Leven in den Wettbewerb, der im Finale des Vorjahres gegen Third Lanark gewonnen hatte. Im diesjährigen Endspiel um den Schottischen Pokal traf der Titelverteidiger aus Alexandria auf die Glasgow Rangers. Die Vales erreichten zum dritten Mal infolge das Endspiel. Die Rangers nahmen nach 1877 zum zweiten Mal am Finale teil. Im ersten Finalspiel gab es ein 1:1. Aufgrund eines vermeintlich nicht gegebenen Tores für die Rangers legte der Verein Protest ein. Zu einem sieben Tage später angesetzten Wiederholungsfinale traten die Rangers allerdings nicht an. So gewannen die Vales zum 3. Mal in der Vereinsgeschichte den Pokal.
Ausgetragen wurden die Begegnungen am 21. und 28. September sowie am 5. Oktober 1878. Die Wiederholungsspiele fanden am 5. Oktober 1878 statt. Die Mannschaften die im jeweiligen Wiederholungsspiel Unentschieden gegeneinander spielten kamen eine Runde weiter.
