Sowohl die NLA als auch die NLB kannten je eine Qualifikationsrunde und einen zweiten Teil, in dem Meister, Auf- und Absteiger bestimmt wurden.
In den Qualifikationsrunden der beiden höchsten Ligen traten je 10 Teams an, die gegen jeden Gegner je ein Heim- und ein Auswärtsspiel bestritten. Insgesamt absolvierte so jedes Team 18 Spiele.
Die besten acht Vereine der Nationalliga A qualifizierten sich für die Finalrunde, in welche die Hälfte der erspielten Punkte (aufgerundet) mitgenommen wurde. Zwei Mannschaften trafen jeweils nur noch ein weiteres Mal aufeinander. Insgesamt absolvierte so jedes Team sieben weitere Spiele. Der Erstklassierte der Finalrunde war Ende Saison Schweizer Meister und qualifizierte sich für die UEFA Women’s Champions League 2015/16.
Die beiden schlechtesten Teams der Nationalliga A traten zusammen mit den zwei besten Teams der Nationalliga B in der Auf-/Abstiegsrunde an. Hier wurden keine Punkte aus den Qualifikationsrunden mitgenommen. Zwei Mannschaften trafen jeweils zweimal aufeinander. Insgesamt absolvierte so jedes Team sechs weitere Spiele. Die zwei besten Teams spielten in der Folgesaison in der NLA, die anderen beiden in der NLB.
Die restlichen acht Vereine der Nationalliga B mussten in der Abstiegsrunde antreten. Wie in der Finalrunde der NLA wurde die Hälfte der erspielten Punkte mitgenommen. Auch hier trafen zwei Mannschaften nur noch einmal aufeinander und absolvierten so sieben weitere Spiele. Die zwei letztplatzierten Teams mussten den Gang in die 1. Liga antreten.
Nationalliga A
In der Nationalliga A nahmen zehn Mannschaften teil. Titelverteidiger war der FC Zürich Frauen. Einziger Aufsteiger war der FCF Rapid Lugano, der im August 2015 in FF Lugano 1976 umbenannt wurde. Am 28. Mai 2016 sicherte sich der FC Zürich frühzeitig seinen 5. Titel in Folge bzw. seinen 20. insgesamt. Der FC St. Gallen stieg Ende Saison ab.
In der Nationalliga B nahmen ebenfalls zehn Mannschaften teil. In der NLB waren neu neben dem Absteiger FC Rapperswil-Jona die Aufsteiger vom FC Therwil sowie die U-21-Mannschaft des FC Zürich, die in der Folge die Liga dominierte, jedoch nicht an der Aufstiegsrunde teilnehmen durfte. Der SC Derendingen Solothurn stieg Ende Saison in die NLA auf, während die US Gambarogno und der NLA-Absteiger FC Rapperswil-Jona den Gang in die 1. Liga antreten mussten.